More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5231 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5231  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 267 aa  543  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 264 aa  95.5  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0665  helix-turn-helix domain-containing protein  32.44 
 
 		 270 aa  91.3  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4554  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 256 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02039  putative DNA-binding protein  30.13 
 
 		 249 aa  87  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3684  helix-turn-helix domain-containing protein  51.95 
 
 		 287 aa  85.5  9e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.2904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4867  helix-turn-helix domain-containing protein  30.39 
 
 		 273 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  28.77 
 
 		 261 aa  84  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5321  helix-turn-helix domain-containing protein  30.08 
 
 		 260 aa  82.4  0.000000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.833678 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5690  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 260 aa  82.4  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.313286 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0671  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 263 aa  81.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 278 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3649  helix-turn-helix domain-containing protein  48.1 
 
 		 256 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128425  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4941  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 276 aa  76.3  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2575  hypothetical protein  47.22 
 
 		 247 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3297  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  29.44 
 
 		 269 aa  75.5  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4467  AraC family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 288 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3204  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 273 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.19869  normal  0.466568 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2317  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2709  helix-turn-helix domain-containing protein  28.15 
 
 		 234 aa  69.3  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.263272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4435  transcriptional regulator, AraC family  44.05 
 
 		 262 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681561  normal  0.0120203 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2796  helix-turn-helix domain-containing protein  39.78 
 
 		 257 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.586301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2373  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0015649  normal  0.589788 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0213  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 223 aa  65.1  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3884  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 268 aa  64.3  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369279  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3351  Helix-turn-helix, AraC domain protein  34 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2432  transcriptional regulator, AraC family  24.79 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28452  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5753  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5394  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 229 aa  63.5  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.551165 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4807  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 221 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55240  hypothetical protein  40.74 
 
 		 221 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000168814 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 269 aa  62.8  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3822  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 282 aa  62.4  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 257 aa  62.4  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  26.38 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3877  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  31.91 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 276 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2201  AraC family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 275 aa  59.7  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.507033 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 279 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02220  Transcriptional regulator, AraC-family  25.31 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 276 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 284 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1743  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295048  normal  0.345273 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 355 aa  58.9  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2474  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.446232  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09710  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  32.71 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.966936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2303  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 251 aa  58.5  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0283  transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 246 aa  57.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.97 
 
 		 415 aa  57.8  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3263  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 274 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.534649  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1548  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 266 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120016  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3718  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 305 aa  57  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6773  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 266 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6281  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 266 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0183081  normal  0.898598 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6884  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 266 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1692  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 351 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000028699  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 275 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4553  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.340606  normal  0.506644 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  24.02 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3069  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 316 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00244653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 351 aa  56.2  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 273 aa  56.2  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 271 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 312 aa  56.2  0.0000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4202  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1968  transcriptional regulator, AraC family  31.53 
 
 		 321 aa  55.8  0.0000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 271 aa  55.5  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3162  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 285 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1070  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 331 aa  55.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4458  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 249 aa  55.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1502  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 115 aa  54.7  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.182478  normal  0.0194008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 278 aa  55.5  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2978  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  54.7  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 289 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 306 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  33.98 
 
 		 294 aa  55.5  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  27 
 
 		 274 aa  53.9  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3514  transcriptional regulator  34.34 
 
 		 334 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505982  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7736  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 338 aa  54.7  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 299 aa  54.3  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 280 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  28.16 
 
 		 275 aa  54.3  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 300 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 285 aa  54.3  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>