More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3884 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3884  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 268 aa  547  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369279  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5753  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 287 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  44.23 
 
 		 264 aa  95.9  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1743  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 285 aa  89.4  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295048  normal  0.345273 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0665  helix-turn-helix domain-containing protein  42.31 
 
 		 270 aa  86.3  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3822  AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 282 aa  83.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 278 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3877  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 282 aa  77.4  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  28.82 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3649  helix-turn-helix domain-containing protein  42.27 
 
 		 256 aa  76.3  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3297  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 228 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3684  helix-turn-helix domain-containing protein  42.53 
 
 		 287 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.2904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5321  helix-turn-helix domain-containing protein  43.18 
 
 		 260 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.833678 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5690  AraC family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 260 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.313286 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4467  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 288 aa  72.4  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4867  helix-turn-helix domain-containing protein  28.87 
 
 		 273 aa  72  0.000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4554  AraC family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 256 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  30.08 
 
 		 261 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2373  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0015649  normal  0.589788 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.41 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5394  transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 		 229 aa  64.7  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.551165 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5231  helix-turn-helix domain-containing protein  24.29 
 
 		 267 aa  64.3  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150929  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.49 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2796  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.586301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15970  transcriptional regulator, AraC family  21.61 
 
 		 249 aa  62.4  0.000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000193936 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 361 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.77 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3204  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.19869  normal  0.466568 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0611  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32.89 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.88985  normal  0.0110602 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 261 aa  61.2  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.77 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 288 aa  60.1  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.58 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2575  hypothetical protein  27.07 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.17 
 
 		 314 aa  59.3  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  30 
 
 		 360 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 360 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0069  DNA-binding transcriptional regulator AraC  33.08 
 
 		 309 aa  59.3  0.00000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00066  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.08 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3535  transcriptional regulator, AraC family  33.08 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  33.08 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00065  hypothetical protein  33.08 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  33.08 
 
 		 281 aa  58.9  0.00000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.269311  normal  0.445846 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3593  DNA-binding transcriptional regulator AraC  33.08 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  0.000000316606 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0068  DNA-binding transcriptional regulator AraC  33.08 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0056  DNA-binding transcriptional regulator AraC  33.08 
 
 		 292 aa  58.9  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55240  hypothetical protein  37.36 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000168814 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  30.36 
 
 		 387 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4807  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 221 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 355 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2709  helix-turn-helix domain-containing protein  31.29 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.263272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.25 
 
 		 316 aa  57.4  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 357 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4435  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681561  normal  0.0120203 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 295 aa  57  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.22 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000211757 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4941  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 276 aa  57  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 353 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  32.29 
 
 		 396 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  32.29 
 
 		 396 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 410 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2432  transcriptional regulator, AraC family  22.58 
 
 		 274 aa  55.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28452  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.84 
 
 		 325 aa  55.5  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 462 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 294 aa  55.5  0.0000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.25 
 
 		 360 aa  54.7  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  34.38 
 
 		 293 aa  55.1  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 357 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 357 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3351  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.71 
 
 		 226 aa  54.3  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 202 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 266 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2956  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  36.17 
 
 		 303 aa  54.7  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 317 aa  54.3  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 351 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0108  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.54 
 
 		 281 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0111  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.54 
 
 		 281 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.311813 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 292 aa  53.5  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 223 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.54 
 
 		 281 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  35.35 
 
 		 279 aa  53.5  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.54 
 
 		 281 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  0.0929131 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0110  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.54 
 
 		 281 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.234129 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00477  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.7 
 
 		 211 aa  53.9  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 279 aa  53.5  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6272  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 143 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0908996 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 338 aa  53.5  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2462  transcriptional regulator  27.03 
 
 		 337 aa  53.1  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0213  AraC family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 223 aa  53.5  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 330 aa  53.1  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  29.7 
 
 		 356 aa  52.8  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  32.08 
 
 		 294 aa  53.1  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  26.98 
 
 		 272 aa  52.8  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  30.93 
 
 		 530 aa  52.8  0.000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>