More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4941 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4941  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 276 aa  561  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2432  transcriptional regulator, AraC family  49.24 
 
 		 274 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28452  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3204  AraC family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 273 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.19869  normal  0.466568 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0671  AraC family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 263 aa  204  9e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3263  AraC family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 274 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.534649  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2201  AraC family transcriptional regulator  48.4 
 
 		 275 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.507033 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  28.63 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5231  helix-turn-helix domain-containing protein  28.4 
 
 		 267 aa  76.3  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3649  helix-turn-helix domain-containing protein  29.8 
 
 		 256 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 264 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5753  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 287 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1375  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 294 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000191451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3297  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4554  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 256 aa  66.2  0.0000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0665  helix-turn-helix domain-containing protein  35.64 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4467  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 288 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 297 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2070  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 236 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2619  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 450 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0177667  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2796  helix-turn-helix domain-containing protein  26.49 
 
 		 257 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.586301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4867  helix-turn-helix domain-containing protein  27.36 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  23.15 
 
 		 250 aa  64.3  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2731  Helix-turn-helix, AraC domain protein  33.61 
 
 		 261 aa  63.9  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3673  helix-turn-helix domain-containing protein  26.03 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 333 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5690  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 260 aa  62  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.313286 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 248 aa  62  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 278 aa  62  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5321  helix-turn-helix domain-containing protein  28.45 
 
 		 260 aa  62  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.833678 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 257 aa  60.8  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2575  hypothetical protein  33.01 
 
 		 247 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4435  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 262 aa  61.6  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681561  normal  0.0120203 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  36.9 
 
 		 269 aa  60.1  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5394  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.551165 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4726  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1861  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 283 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3684  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 287 aa  58.9  0.00000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.2904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 320 aa  58.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3822  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54010  transcriptional regulator  28.14 
 
 		 262 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3351  Helix-turn-helix, AraC domain protein  30.61 
 
 		 226 aa  58.2  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2339  transcriptional regulator, AraC family  29.36 
 
 		 270 aa  57  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3884  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 268 aa  57  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369279  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 276 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2373  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 234 aa  57  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0015649  normal  0.589788 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4807  AraC family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 257 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 257 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0213  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43820  putative transcriptional regulator  30.21 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55240  hypothetical protein  23.58 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000168814 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1945  transcriptional regulator, AraC family  26.87 
 
 		 278 aa  55.8  0.0000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 276 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  25.9 
 
 		 530 aa  55.1  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2766  transcriptional regulator, AraC family  28.5 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 263 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1743  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 285 aa  54.3  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295048  normal  0.345273 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 351 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 143 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  36.27 
 
 		 242 aa  53.9  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 143 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2338  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 294 aa  53.9  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 271 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1128  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 266 aa  53.9  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2317  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 233 aa  53.5  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3347  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 283 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6066  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 289 aa  53.9  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.576026  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 281 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  31.71 
 
 		 310 aa  53.1  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  35.29 
 
 		 284 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 281 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3734  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 255 aa  53.1  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.147962  normal  0.0342105 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 299 aa  53.1  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4197  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 259 aa  53.1  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973971  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4553  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 265 aa  53.1  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.340606  normal  0.506644 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4106  AraC family transcriptional regulator  20.56 
 
 		 272 aa  53.1  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.302836  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4169  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 283 aa  53.1  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.961188  normal  0.0248126 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3062  transcription regulator protein  25.47 
 
 		 268 aa  52.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.153433 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 268 aa  52.8  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32460  putative transcriptional regulator  29.9 
 
 		 255 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.144604  normal  0.396553 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6272  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 143 aa  52.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0908996 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 276 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32.04 
 
 		 325 aa  52.4  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>