More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1097 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 261 aa  537  9.999999999999999e-153  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  36.94 
 
 		 269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  33.2 
 
 		 271 aa  136  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  28.9 
 
 		 269 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  32.8 
 
 		 272 aa  96.3  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  30.54 
 
 		 272 aa  94  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  24.46 
 
 		 275 aa  87.8  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  26.13 
 
 		 271 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 282 aa  82.8  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 256 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 271 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  28.07 
 
 		 271 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  31.51 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  35.05 
 
 		 277 aa  79.7  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 278 aa  79.3  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.29 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  36.46 
 
 		 274 aa  77  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  34.78 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  26.29 
 
 		 274 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  30.64 
 
 		 244 aa  73.6  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2336  hypothetical protein  23.36 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.429257 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 273 aa  73.9  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.29 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  26.7 
 
 		 277 aa  73.2  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  24.73 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 257 aa  72.4  0.000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  27.49 
 
 		 279 aa  71.2  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 253 aa  71.2  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  24.86 
 
 		 275 aa  70.5  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 281 aa  69.7  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.65 
 
 		 288 aa  68.9  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  39.08 
 
 		 260 aa  68.6  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 289 aa  67.8  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 257 aa  67.4  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 309 aa  66.6  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  25.51 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 304 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  24.47 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 273 aa  65.1  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  38.78 
 
 		 272 aa  65.1  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 281 aa  64.7  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 268 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 257 aa  63.5  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.84 
 
 		 248 aa  62.8  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  26.57 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0651  transcriptional regulator, AraC family  22.77 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 276 aa  61.6  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 250 aa  61.6  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.89 
 
 		 265 aa  62  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  31.11 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4842  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 337 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.195064 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  29.37 
 
 		 263 aa  60.8  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3884  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 268 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369279  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  37.21 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0497  helix-turn-helix domain-containing protein  30.93 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.516029  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2325  Helix-turn-helix, AraC domain protein  32.38 
 
 		 249 aa  60.1  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0165435  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3172  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 297 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 337 aa  59.3  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1930  AraC family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 296 aa  59.3  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 338 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  34.21 
 
 		 246 aa  58.9  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3488  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 255 aa  58.9  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 318 aa  58.9  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1875  AraC family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 294 aa  58.5  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3173  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 255 aa  58.5  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 393 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.58 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6449  AraC family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0160185 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  35.44 
 
 		 267 aa  58.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1665  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 271 aa  58.2  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127281  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  39.29 
 
 		 332 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0264  Helix-turn-helix, AraC domain protein  32.56 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  32.38 
 
 		 356 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3316  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 255 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.410872 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 345 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1191  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 278 aa  57.8  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  25.15 
 
 		 266 aa  57.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2789  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.548019  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>