More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2569 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 309 aa  609  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 271 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  35.59 
 
 		 272 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  35.17 
 
 		 287 aa  99.8  6e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  31.8 
 
 		 289 aa  97.8  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.86 
 
 		 260 aa  97.1  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 273 aa  97.1  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  27 
 
 		 272 aa  96.3  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  23.32 
 
 		 272 aa  95.9  8e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 271 aa  95.5  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 		 269 aa  93.6  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 		 260 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  37.01 
 
 		 275 aa  92  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 269 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0979  transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 		 279 aa  89.7  6e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560002  normal  0.0613388 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  24.02 
 
 		 271 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  29.57 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  23.9 
 
 		 273 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  21.77 
 
 		 268 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 278 aa  80.1  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 272 aa  80.1  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  37.61 
 
 		 275 aa  79  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 289 aa  79  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  21.76 
 
 		 280 aa  78.6  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 253 aa  74.7  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25 
 
 		 288 aa  75.1  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  21.61 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 252 aa  75.1  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.5 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  21.52 
 
 		 277 aa  72.8  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 246 aa  71.6  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  31.21 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 263 aa  69.7  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  32.58 
 
 		 252 aa  69.3  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  22.81 
 
 		 281 aa  69.3  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  32.74 
 
 		 244 aa  67.8  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0651  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 290 aa  67.4  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  24.37 
 
 		 327 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  23.29 
 
 		 279 aa  67  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  21.49 
 
 		 251 aa  67  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 261 aa  66.6  0.0000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 281 aa  65.5  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 257 aa  65.5  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2581  Helix-turn-helix, AraC domain protein  32.31 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.042532  normal  0.012517 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5515  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184351  normal  0.0529906 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1930  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 272 aa  64.3  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  32.16 
 
 		 266 aa  63.9  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.15 
 
 		 248 aa  64.3  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4454  helix-turn-helix domain-containing protein  32.56 
 
 		 280 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.663382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1875  AraC family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1671  Helix-turn-helix, AraC domain protein  34.68 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  33.91 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  22.75 
 
 		 257 aa  62.4  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2325  Helix-turn-helix, AraC domain protein  21.82 
 
 		 249 aa  62.4  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0165435  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.24 
 
 		 265 aa  61.2  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  23.98 
 
 		 271 aa  61.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  20.93 
 
 		 228 aa  61.2  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2103  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 253 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.985837 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  27.92 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6449  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0160185 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  22.37 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17370  hypothetical protein  30.64 
 
 		 275 aa  60.5  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.0989396 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  23.35 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  25.42 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0145  transcriptional regulator, AraC family  30.42 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.818844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  18.92 
 
 		 254 aa  60.1  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 297 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 281 aa  59.7  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  25.29 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 271 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 221 aa  58.5  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6197  transcriptional regulator, AraC family  32.12 
 
 		 230 aa  58.9  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  23.28 
 
 		 253 aa  58.9  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  26.71 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 267 aa  57.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0145  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.05 
 
 		 276 aa  57.8  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6584  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 112 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796867  normal  0.163246 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3952  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 262 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4026  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 276 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.546725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3966  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 276 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0381394 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>