152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6750 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 327 aa  679    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  71.8 
 
 		 271 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  63.91 
 
 		 271 aa  367  1e-100  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  50.57 
 
 		 259 aa  250  2e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1931  helix-turn-helix, AraC type  30.57 
 
 		 274 aa  95.9  9e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 272 aa  94.4  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 271 aa  87.8  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 287 aa  87  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  22.62 
 
 		 271 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 244 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  25.37 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  30.99 
 
 		 280 aa  78.6  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  27.23 
 
 		 274 aa  79  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 267 aa  77  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  26.58 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.14 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 269 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 		 271 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 231 aa  75.1  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6449  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 239 aa  74.3  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0160185 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 260 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  26.34 
 
 		 277 aa  73.6  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.85 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  26.64 
 
 		 252 aa  72.4  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.53 
 
 		 260 aa  71.2  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 254 aa  71.2  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  26.13 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  23.92 
 
 		 272 aa  70.1  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 		 271 aa  69.3  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  23.79 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4320  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.400643  normal  0.300736 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.64 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17370  hypothetical protein  25.4 
 
 		 275 aa  67  0.0000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.0989396 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  24.37 
 
 		 309 aa  67  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 257 aa  66.6  0.0000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 272 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  23.85 
 
 		 269 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 244 aa  63.9  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  22.69 
 
 		 282 aa  63.5  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  25.46 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  26.38 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 278 aa  62.4  0.000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  24.02 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 285 aa  62.4  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  43.21 
 
 		 268 aa  60.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  23.58 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.51 
 
 		 252 aa  60.1  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0111  AraC family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1932  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 236 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  21.46 
 
 		 277 aa  58.9  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  24.57 
 
 		 271 aa  58.5  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2688  helix-turn-helix domain-containing protein  23.92 
 
 		 221 aa  58.2  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.977146  normal  0.242396 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4438  helix-turn-helix domain-containing protein  25.28 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  27.54 
 
 		 275 aa  58.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2325  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.3 
 
 		 249 aa  57.4  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0165435  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  24.38 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 264 aa  57  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  26.81 
 
 		 229 aa  57  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 261 aa  56.6  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6058  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 273 aa  56.2  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 253 aa  55.1  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  23.22 
 
 		 297 aa  55.5  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  24.57 
 
 		 281 aa  55.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 278 aa  53.5  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  24.62 
 
 		 289 aa  53.9  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  24.72 
 
 		 278 aa  53.1  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 		 255 aa  53.1  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0979  transcriptional regulator, AraC family  24.2 
 
 		 279 aa  52.8  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560002  normal  0.0613388 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0145  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 255 aa  52.8  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.818844  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 272 aa  52.4  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4454  helix-turn-helix domain-containing protein  25.86 
 
 		 280 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.663382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 281 aa  52  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  22.43 
 
 		 310 aa  51.2  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  23.36 
 
 		 239 aa  51.2  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2463  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 248 aa  51.6  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 256 aa  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  23.67 
 
 		 251 aa  50.8  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  39.24 
 
 		 319 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  21.91 
 
 		 309 aa  50.8  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 257 aa  50.4  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 319 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1713  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 286 aa  49.7  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  21.34 
 
 		 251 aa  49.7  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  23.25 
 
 		 298 aa  49.7  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 273 aa  49.7  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 253 aa  49.3  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  19.57 
 
 		 297 aa  49.3  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0509  Helix-turn-helix, AraC domain protein  21.65 
 
 		 265 aa  49.3  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.591495 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0590  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 345 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.988044  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1057  AraC family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 346 aa  48.9  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0171524  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2428  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 345 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>