More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6692 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 260 aa  544  1e-154  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  64.23 
 
 		 260 aa  354  6.999999999999999e-97  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  27.39 
 
 		 271 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 		 268 aa  101  9e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 253 aa  99.8  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 272 aa  99.8  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  27.49 
 
 		 287 aa  96.3  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 271 aa  95.5  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.94 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 272 aa  94  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 256 aa  94.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.28 
 
 		 255 aa  92  9e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  26.36 
 
 		 272 aa  91.7  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 		 309 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 271 aa  89.7  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 281 aa  89.7  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  26.19 
 
 		 271 aa  89  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  30.36 
 
 		 289 aa  89  7e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 278 aa  88.2  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 272 aa  87  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 273 aa  86.7  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  25.45 
 
 		 254 aa  85.9  5e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 269 aa  85.9  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 280 aa  85.1  9e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 263 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 289 aa  82.4  0.000000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  28.9 
 
 		 263 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  26.86 
 
 		 278 aa  78.6  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 281 aa  78.6  0.00000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  25.44 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  27.46 
 
 		 252 aa  77  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 272 aa  75.9  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.74 
 
 		 288 aa  75.1  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  26.87 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  28.36 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  24.89 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 327 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 278 aa  73.6  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  27.15 
 
 		 259 aa  72.4  0.000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 271 aa  72.4  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1875  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  24.64 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2581  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.19 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.042532  normal  0.012517 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  24.43 
 
 		 244 aa  70.5  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  23.81 
 
 		 281 aa  69.7  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 275 aa  69.3  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4438  helix-turn-helix domain-containing protein  26.83 
 
 		 255 aa  69.3  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 297 aa  68.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 267 aa  68.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 261 aa  68.6  0.00000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 271 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 		 268 aa  68.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 251 aa  68.2  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 279 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 275 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 282 aa  67.8  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  24.09 
 
 		 256 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  28.93 
 
 		 266 aa  66.6  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  24.43 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  26.09 
 
 		 306 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 275 aa  65.9  0.0000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 		 276 aa  65.9  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 253 aa  65.5  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  23.6 
 
 		 252 aa  65.5  0.0000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  25.54 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  35.9 
 
 		 246 aa  64.7  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.73 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 277 aa  64.3  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1930  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  24.59 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  24.46 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0118  transcriptional regulator, AraC family  26.7 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.809265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  35.85 
 
 		 251 aa  62.4  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 		 280 aa  62.4  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  35.85 
 
 		 331 aa  62  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  25.79 
 
 		 257 aa  61.6  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 228 aa  61.2  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2103  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 253 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.985837 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 289 aa  62  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  24.56 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0654  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0490278 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0509  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.27 
 
 		 265 aa  60.5  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.591495 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6058  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>