More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1384 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 269 aa  562  1.0000000000000001e-159  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  49.82 
 
 		 271 aa  269  2.9999999999999997e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  37.22 
 
 		 269 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  34.35 
 
 		 272 aa  132  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 271 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  28.84 
 
 		 272 aa  110  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.2 
 
 		 260 aa  104  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  27.38 
 
 		 272 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 271 aa  102  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 268 aa  95.5  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 		 309 aa  93.6  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 273 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 287 aa  90.1  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 271 aa  89.7  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 253 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  32.11 
 
 		 281 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 259 aa  84  0.000000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.17 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 280 aa  79  0.00000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  25.81 
 
 		 252 aa  78.6  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  23.9 
 
 		 271 aa  78.2  0.0000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2336  hypothetical protein  24.22 
 
 		 274 aa  77.4  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.429257 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 271 aa  77  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  27.75 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  25.1 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 327 aa  75.5  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1713  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  24.73 
 
 		 278 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 257 aa  74.3  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  28.36 
 
 		 260 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  24.42 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  25.59 
 
 		 246 aa  73.6  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 251 aa  73.2  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.9 
 
 		 288 aa  72.4  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  25.14 
 
 		 277 aa  72  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 274 aa  72  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 272 aa  71.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2737  AraC family transcriptional regulator  21.59 
 
 		 262 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0062511  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  28.92 
 
 		 277 aa  70.1  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  26.2 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 275 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2911  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  28.84 
 
 		 275 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  22.79 
 
 		 297 aa  67  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 		 273 aa  67  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0497  helix-turn-helix domain-containing protein  31.13 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.516029  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  24.9 
 
 		 305 aa  65.5  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1931  helix-turn-helix, AraC type  25.48 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  31.64 
 
 		 229 aa  65.1  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 244 aa  65.1  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.14 
 
 		 252 aa  65.5  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 277 aa  64.3  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 264 aa  64.7  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1551  transcriptional regulator, AraC family  25.86 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  22.52 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2581  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.14 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.042532  normal  0.012517 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 273 aa  62.4  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 246 aa  62  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  28.65 
 
 		 256 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 275 aa  61.6  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  24.5 
 
 		 263 aa  60.8  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 267 aa  60.8  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 		 252 aa  60.8  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  22.09 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  23.77 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  24.38 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  27.51 
 
 		 254 aa  59.7  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6449  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0160185 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  35.23 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  21.88 
 
 		 251 aa  58.5  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  22.06 
 
 		 303 aa  57.4  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  21.57 
 
 		 272 aa  57  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 331 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4782  negative transcriptional regulator of cel operon  31.76 
 
 		 271 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0663748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4856  negative transcriptional regulator of cel operon  31.76 
 
 		 271 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  23.48 
 
 		 304 aa  57  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  27.43 
 
 		 281 aa  56.2  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  23.19 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  22.56 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 292 aa  55.8  0.0000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 308 aa  55.8  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  32.58 
 
 		 252 aa  55.5  0.0000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 257 aa  55.5  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0958  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.7 
 
 		 268 aa  55.5  0.0000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0644351  decreased coverage  0.00475018 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>