More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5120 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 275 aa  570  1.0000000000000001e-162  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 256 aa  88.2  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 271 aa  87.8  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 261 aa  87.8  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  30.29 
 
 		 287 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  34.43 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  29.44 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 257 aa  75.5  0.0000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  29.48 
 
 		 271 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  25.88 
 
 		 277 aa  73.6  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 257 aa  73.2  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  34.86 
 
 		 272 aa  72.8  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  33.88 
 
 		 253 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  30.22 
 
 		 256 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 269 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.57 
 
 		 255 aa  70.5  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 260 aa  69.3  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  27.66 
 
 		 272 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 269 aa  68.6  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  30.16 
 
 		 257 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  24.86 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.95 
 
 		 260 aa  66.6  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  43.24 
 
 		 280 aa  66.2  0.0000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 271 aa  65.5  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 		 271 aa  65.1  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 271 aa  65.1  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 		 268 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  28.21 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  26.16 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  32.63 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 272 aa  62.4  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  26.04 
 
 		 274 aa  62  0.000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 308 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  23.56 
 
 		 281 aa  61.6  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  26.53 
 
 		 244 aa  62  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  25.75 
 
 		 271 aa  61.2  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  37.97 
 
 		 254 aa  60.8  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 291 aa  61.2  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  28.21 
 
 		 306 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  24.27 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 253 aa  59.3  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6455  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.138486  normal  0.0928109 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0145  Helix-turn-helix, AraC domain protein  24.46 
 
 		 276 aa  58.9  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.15 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  27.54 
 
 		 327 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0264  Helix-turn-helix, AraC domain protein  34.78 
 
 		 284 aa  58.5  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0958  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.68 
 
 		 268 aa  58.2  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0644351  decreased coverage  0.00475018 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 252 aa  57  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  34.67 
 
 		 281 aa  57  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 297 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  30.93 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 268 aa  55.8  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.27 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4438  helix-turn-helix domain-containing protein  27.21 
 
 		 255 aa  55.1  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4842  transcriptional regulator, AraC family  25.86 
 
 		 337 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.195064 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 337 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30.34 
 
 		 263 aa  54.7  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 271 aa  54.3  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2016  hypothetical protein  21.43 
 
 		 280 aa  54.3  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0782  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 131 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  28.57 
 
 		 246 aa  54.3  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 267 aa  54.3  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 251 aa  54.3  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1875  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 294 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2241  helix-turn-helix domain-containing protein  23.71 
 
 		 277 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  23.7 
 
 		 252 aa  54.3  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 282 aa  53.9  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 246 aa  53.5  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 273 aa  53.1  0.000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1930  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 296 aa  53.1  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  37.31 
 
 		 287 aa  53.1  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2746  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 264 aa  52.8  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.902284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1655  hypothetical protein  26.15 
 
 		 271 aa  52.4  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 297 aa  52.4  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3316  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 344 aa  52.4  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  21.3 
 
 		 275 aa  52.4  0.000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2103  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 253 aa  52.4  0.000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.985837 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0136  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 344 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.421532  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1671  Helix-turn-helix, AraC domain protein  31.03 
 
 		 261 aa  52  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 253 aa  52  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2336  hypothetical protein  27.66 
 
 		 274 aa  51.6  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.429257 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3166  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 254 aa  51.6  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0678  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 295 aa  51.6  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.364827 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0126  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 344 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.223223  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0497  helix-turn-helix domain-containing protein  27.66 
 
 		 263 aa  52  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.516029  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4183  AraC family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 282 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.806695 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>