More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4467 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 252 aa  495  1e-139  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  52.78 
 
 		 253 aa  258  5.0000000000000005e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  57.37 
 
 		 266 aa  243  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  42.25 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 278 aa  115  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1671  Helix-turn-helix, AraC domain protein  39.19 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.44 
 
 		 260 aa  102  8e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  36.9 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  42.69 
 
 		 275 aa  92.8  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0979  transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 279 aa  82  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560002  normal  0.0613388 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 291 aa  82  0.000000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  34.6 
 
 		 273 aa  76.3  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  34.93 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  24.89 
 
 		 260 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 271 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 257 aa  70.1  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 273 aa  69.3  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 309 aa  69.3  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  22.87 
 
 		 272 aa  68.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  31.38 
 
 		 252 aa  68.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 257 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0651  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4856  negative transcriptional regulator of cel operon  38.75 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 244 aa  64.3  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4782  negative transcriptional regulator of cel operon  38.75 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0663748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 281 aa  63.5  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.83 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  37.09 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  26.8 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  42.68 
 
 		 267 aa  62.8  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 278 aa  62.4  0.000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6272  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 143 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0908996 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 261 aa  61.6  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  37.75 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1549  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 311 aa  61.6  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00923391  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  23.35 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6359  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 151 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6062  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 151 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.58 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 143 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 143 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  25.64 
 
 		 305 aa  58.9  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  28.86 
 
 		 271 aa  58.9  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  27.01 
 
 		 272 aa  58.5  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  36.71 
 
 		 331 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 287 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1112  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 296 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1713  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  32.91 
 
 		 280 aa  57  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  26.86 
 
 		 269 aa  56.6  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 		 366 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  31.96 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 271 aa  56.2  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 257 aa  55.5  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  22.81 
 
 		 277 aa  55.5  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 269 aa  55.5  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 277 aa  55.5  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 289 aa  55.1  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4141  helix-turn-helix domain-containing protein  35.62 
 
 		 278 aa  54.7  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000207295  hitchhiker  0.0000292463 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 256 aa  55.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  22 
 
 		 251 aa  54.3  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  43.37 
 
 		 272 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  23.7 
 
 		 275 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 254 aa  54.7  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1551  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 281 aa  53.9  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 310 aa  53.9  0.000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  35.67 
 
 		 275 aa  53.5  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 282 aa  53.5  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 268 aa  53.1  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0973  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 260 aa  53.1  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2911  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 277 aa  53.1  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2793  transcriptional regulator, AraC family  42.47 
 
 		 219 aa  53.1  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.537681  hitchhiker  0.00108463 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0782  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 131 aa  53.1  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 253 aa  52.8  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 274 aa  52.8  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 297 aa  52.4  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  31.64 
 
 		 229 aa  52  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  40.45 
 
 		 246 aa  52  0.000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17370  hypothetical protein  39.76 
 
 		 275 aa  52  0.000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.0989396 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  21.78 
 
 		 252 aa  51.6  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 274 aa  51.2  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 244 aa  51.6  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 309 aa  51.6  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 271 aa  51.6  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3326  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 307 aa  51.6  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.100814  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 268 aa  51.6  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  34.57 
 
 		 298 aa  51.6  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  24.63 
 
 		 274 aa  50.8  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>