More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1671 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_1671  Helix-turn-helix, AraC domain protein  100 
 
 
261 aa  516  1.0000000000000001e-145  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  37.98 
 
 
297 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  39.19 
 
 
252 aa  115  5e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  35.25 
 
 
275 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  33.97 
 
 
289 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 
273 aa  105  6e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
278 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  38.07 
 
 
266 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  34.73 
 
 
253 aa  93.2  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0651  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 
290 aa  91.3  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 
287 aa  86.7  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  33.63 
 
 
289 aa  83.2  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.57 
 
 
248 aa  78.2  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  34.68 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  25.5 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  23.43 
 
 
272 aa  68.6  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17370  hypothetical protein  35.09 
 
 
275 aa  67.4  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.0989396 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  21.2 
 
 
277 aa  67  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  27.01 
 
 
274 aa  66.6  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  34.16 
 
 
229 aa  64.7  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 
260 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.45 
 
 
252 aa  64.3  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.27 
 
 
260 aa  63.9  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  20.67 
 
 
277 aa  63.2  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 
221 aa  62.8  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3824  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 
276 aa  62.4  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 
292 aa  62  0.000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 
278 aa  60.8  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 
272 aa  61.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 
231 aa  60.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  23.7 
 
 
252 aa  60.1  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  43.62 
 
 
291 aa  60.5  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  34.16 
 
 
275 aa  60.1  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 
264 aa  59.7  0.00000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
257 aa  58.9  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
273 aa  59.3  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 
271 aa  58.5  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 
288 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3326  transcriptional regulator, AraC family  34.73 
 
 
307 aa  58.5  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.100814  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 
278 aa  57.4  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.53 
 
 
288 aa  57.8  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  40.96 
 
 
267 aa  57.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  23.53 
 
 
251 aa  57.4  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2325  Helix-turn-helix, AraC domain protein  20.49 
 
 
249 aa  56.6  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0165435  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 
263 aa  57  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  22.62 
 
 
273 aa  56.6  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 
257 aa  57  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 
256 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  28.4 
 
 
272 aa  57  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 
282 aa  56.6  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2688  helix-turn-helix domain-containing protein  39.56 
 
 
221 aa  56.6  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.977146  normal  0.242396 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 
281 aa  56.2  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  32.7 
 
 
257 aa  56.2  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 
273 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  26.67 
 
 
280 aa  55.8  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 
282 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  42.35 
 
 
284 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1932  AraC family transcriptional regulator  45.33 
 
 
236 aa  55.8  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  23.96 
 
 
271 aa  55.5  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 
278 aa  55.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0782  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 
131 aa  55.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 
297 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 
269 aa  55.1  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  30.86 
 
 
254 aa  55.1  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 
282 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
263 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0285  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 
269 aa  54.3  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000546061  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0979  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 
279 aa  54.7  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560002  normal  0.0613388 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 
344 aa  53.9  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
305 aa  53.5  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  21.53 
 
 
280 aa  53.5  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 
275 aa  53.1  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  21.26 
 
 
271 aa  53.1  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  27.62 
 
 
252 aa  53.1  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 
299 aa  52.8  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  27.91 
 
 
299 aa  52.8  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4246  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 
273 aa  52.8  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 
244 aa  52.8  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  30.95 
 
 
278 aa  52.4  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 
317 aa  52  0.000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  26.42 
 
 
249 aa  52  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1549  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 
311 aa  51.6  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00923391  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0092  helix-turn-helix domain-containing protein  31.71 
 
 
745 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  26.16 
 
 
269 aa  52  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0973  transcriptional regulator, AraC family  33.07 
 
 
260 aa  51.6  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 
338 aa  52  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1880  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 
327 aa  51.6  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0089  helix-turn-helix domain-containing protein  31.71 
 
 
745 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4046  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 
327 aa  50.8  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.188489  normal  0.0112256 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 
279 aa  51.2  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2793  transcriptional regulator, AraC family  40.54 
 
 
219 aa  50.8  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.537681  hitchhiker  0.00108463 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  25.66 
 
 
256 aa  51.2  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5515  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 
291 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184351  normal  0.0529906 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  30.29 
 
 
272 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2167  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 
261 aa  50.8  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 
268 aa  51.2  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  24.56 
 
 
327 aa  50.1  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2772  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 
364 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320342  decreased coverage  0.000000000118835 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  30.49 
 
 
275 aa  50.1  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6267  transcriptional regulator  33.33 
 
 
378 aa  50.4  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>