112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2597 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 253 aa  521  1e-147  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 269 aa  79.7  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 273 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 271 aa  68.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 272 aa  68.6  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 289 aa  67  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 261 aa  67  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 274 aa  67  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.23 
 
 		 289 aa  65.5  0.0000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  37.65 
 
 		 277 aa  64.7  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.15 
 
 		 288 aa  64.7  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 		 269 aa  63.5  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  26.12 
 
 		 272 aa  62.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 279 aa  62.4  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 244 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  32.08 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  26.24 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2336  hypothetical protein  23.02 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.429257 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4454  helix-turn-helix domain-containing protein  29.71 
 
 		 280 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.663382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.37 
 
 		 252 aa  59.3  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 		 278 aa  58.5  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 271 aa  58.5  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  31.34 
 
 		 268 aa  58.2  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4026  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 276 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.546725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3966  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 276 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0381394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3952  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 262 aa  57  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  27.4 
 
 		 275 aa  57  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2241  helix-turn-helix domain-containing protein  31.5 
 
 		 277 aa  57  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  37.18 
 
 		 252 aa  57  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 280 aa  57  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  22.48 
 
 		 271 aa  55.8  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 327 aa  55.1  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  26.12 
 
 		 252 aa  54.3  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 		 271 aa  53.5  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 281 aa  53.5  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.89 
 
 		 260 aa  52.8  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 268 aa  52.8  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 273 aa  52.8  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  36.56 
 
 		 271 aa  52.4  0.000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 275 aa  52  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  20.41 
 
 		 260 aa  52  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 		 271 aa  51.2  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  22.46 
 
 		 281 aa  52  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  23.31 
 
 		 277 aa  51.2  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  29.9 
 
 		 271 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 291 aa  50.4  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  29.55 
 
 		 251 aa  50.4  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  34.72 
 
 		 282 aa  49.7  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2325  Helix-turn-helix, AraC domain protein  31.18 
 
 		 249 aa  49.7  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0165435  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 273 aa  49.3  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  24.24 
 
 		 246 aa  48.9  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.98 
 
 		 303 aa  48.9  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 272 aa  48.5  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 279 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09710  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  29.29 
 
 		 310 aa  48.1  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.966936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 297 aa  47.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1875  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 294 aa  47  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 264 aa  47  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 267 aa  47  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  25.19 
 
 		 272 aa  46.2  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 287 aa  46.6  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  26.81 
 
 		 272 aa  46.2  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0678  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 295 aa  45.8  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.364827 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 228 aa  45.8  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  23.45 
 
 		 252 aa  45.8  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 281 aa  45.4  0.0008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 257 aa  45.4  0.0008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  27.67 
 
 		 249 aa  45.4  0.0008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 310 aa  45.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  26.8 
 
 		 298 aa  44.7  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1191  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 278 aa  45.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5515  transcriptional regulator, AraC family  21.95 
 
 		 291 aa  44.7  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184351  normal  0.0529906 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 254 aa  44.7  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 304 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 308 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  21.19 
 
 		 255 aa  44.3  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6197  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 		 230 aa  44.3  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 269 aa  43.9  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0687  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 293 aa  43.5  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.50177  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2317  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 257 aa  43.5  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2103  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 253 aa  43.9  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.985837 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  30.99 
 
 		 306 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6288  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 268 aa  43.9  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0651  transcriptional regulator, AraC family  24.16 
 
 		 290 aa  43.9  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.56 
 
 		 325 aa  43.9  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0383824  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 		 275 aa  43.1  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  30.99 
 
 		 276 aa  43.5  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  35.21 
 
 		 263 aa  43.5  0.004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2463  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 248 aa  43.1  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 257 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>