More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2622 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  472  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 272 aa  182  5.0000000000000004e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2737  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 262 aa  135  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0062511  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  35.62 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  34.06 
 
 		 257 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1069  hypothetical protein  46.74 
 
 		 118 aa  93.2  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  29.05 
 
 		 272 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  43.04 
 
 		 279 aa  72  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 273 aa  69.3  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  44 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  38.3 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.98 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 269 aa  63.5  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  23.83 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 289 aa  63.5  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  26.81 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 		 275 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 244 aa  62.8  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 271 aa  62.8  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  23.95 
 
 		 304 aa  62.4  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  24.69 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  43.24 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.44 
 
 		 325 aa  61.2  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0383824  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  20.93 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 260 aa  61.2  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  34.67 
 
 		 277 aa  60.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  40.85 
 
 		 360 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 267 aa  60.1  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 		 272 aa  60.1  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  27.81 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1875  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 294 aa  59.3  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  38.03 
 
 		 356 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 361 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  38.03 
 
 		 396 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 357 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  38.03 
 
 		 396 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 410 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 276 aa  57.8  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 360 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 360 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 355 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  38.03 
 
 		 387 aa  57  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 274 aa  57  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 357 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 275 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 462 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 322 aa  57.4  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  39.44 
 
 		 275 aa  57  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 357 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 281 aa  56.6  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  29.9 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 350 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  36.11 
 
 		 263 aa  55.8  0.0000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 276 aa  55.8  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 276 aa  55.8  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  32.93 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  26.12 
 
 		 272 aa  55.8  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 276 aa  55.8  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  37.18 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2688  helix-turn-helix domain-containing protein  35.53 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.977146  normal  0.242396 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 297 aa  55.5  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  38.03 
 
 		 393 aa  55.5  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 274 aa  55.5  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 308 aa  55.1  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 338 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  32.35 
 
 		 257 aa  54.3  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1004  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 351 aa  55.1  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  36.23 
 
 		 287 aa  54.7  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  28.75 
 
 		 299 aa  54.3  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2581  Helix-turn-helix, AraC domain protein  35.82 
 
 		 300 aa  54.3  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.042532  normal  0.012517 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0145  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 255 aa  53.9  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.818844  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  36.62 
 
 		 360 aa  54.3  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 287 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 278 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 287 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  35.9 
 
 		 287 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 278 aa  54.3  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 279 aa  54.3  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 263 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 		 281 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 251 aa  53.9  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  23.72 
 
 		 269 aa  53.9  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 297 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  35.9 
 
 		 287 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0264  Helix-turn-helix, AraC domain protein  30.11 
 
 		 284 aa  54.3  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.25 
 
 		 248 aa  53.1  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 268 aa  53.5  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 278 aa  53.1  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1551  AraC/XylS family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 275 aa  53.5  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0639275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 280 aa  52.8  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>