211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2688 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2688  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 221 aa  429  1e-119  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.977146  normal  0.242396 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  75.57 
 
 		 221 aa  333  1e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  52.71 
 
 		 292 aa  179  2e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  47.37 
 
 		 231 aa  165  5.9999999999999996e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17370  hypothetical protein  41.22 
 
 		 275 aa  145  6e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.0989396 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  45.85 
 
 		 248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  40.26 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  43.28 
 
 		 229 aa  126  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1932  AraC family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 236 aa  122  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  42.17 
 
 		 244 aa  112  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0111  AraC family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 274 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0145  transcriptional regulator, AraC family  37.29 
 
 		 255 aa  108  5e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.818844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  35.44 
 
 		 263 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  41.63 
 
 		 265 aa  105  7e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6449  AraC family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 239 aa  95.9  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0160185 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 263 aa  95.1  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 305 aa  94.4  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4320  AraC family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.400643  normal  0.300736 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  29.38 
 
 		 277 aa  86.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6058  transcriptional regulator, AraC family  35.43 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  25.33 
 
 		 244 aa  75.1  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  33.19 
 
 		 267 aa  73.9  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  26.82 
 
 		 274 aa  72.4  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 259 aa  67  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  29.78 
 
 		 287 aa  66.2  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  34.83 
 
 		 272 aa  65.5  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 289 aa  64.3  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  36.92 
 
 		 289 aa  64.7  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 275 aa  64.7  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  21.12 
 
 		 277 aa  64.3  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  23.67 
 
 		 327 aa  63.5  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1004  AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  22.06 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0509  Helix-turn-helix, AraC domain protein  34.8 
 
 		 265 aa  61.6  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.591495 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 228 aa  60.5  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  23.56 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6197  transcriptional regulator, AraC family  36.82 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 277 aa  58.5  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  26.53 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.42 
 
 		 260 aa  56.6  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 281 aa  56.6  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 257 aa  56.6  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  25.35 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 271 aa  55.8  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  23.91 
 
 		 269 aa  55.8  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1671  Helix-turn-helix, AraC domain protein  40 
 
 		 261 aa  55.5  0.0000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 257 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 256 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  27.39 
 
 		 309 aa  54.3  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  23.85 
 
 		 271 aa  54.3  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 297 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  43.42 
 
 		 297 aa  53.9  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  23.88 
 
 		 278 aa  53.1  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  25.45 
 
 		 272 aa  53.5  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 268 aa  53.5  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 277 aa  53.1  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  27.01 
 
 		 271 aa  52  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 331 aa  52  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  36.99 
 
 		 256 aa  51.2  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  42.67 
 
 		 280 aa  51.2  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 300 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 300 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 273 aa  50.4  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.71 
 
 		 303 aa  50.4  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 264 aa  50.8  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  31.12 
 
 		 289 aa  50.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 357 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 360 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 360 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2953  helix-turn-helix domain-containing protein  28.15 
 
 		 349 aa  49.7  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  17.57 
 
 		 255 aa  49.7  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 252 aa  49.7  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 355 aa  49.7  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  34.62 
 
 		 387 aa  48.9  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2980  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 268 aa  49.3  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.205259 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0145  Helix-turn-helix, AraC domain protein  37.18 
 
 		 276 aa  49.3  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0958  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  41.1 
 
 		 268 aa  48.9  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0644351  decreased coverage  0.00475018 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2167  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 261 aa  48.9  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 357 aa  48.9  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.37 
 
 		 252 aa  48.9  0.00006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  33.75 
 
 		 252 aa  48.5  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 357 aa  48.9  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 303 aa  48.5  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1692  AraC family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 351 aa  48.1  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000028699  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.77 
 
 		 360 aa  47.8  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3476  helix-turn-helix, AraC type  39.17 
 
 		 256 aa  47.8  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  30.77 
 
 		 396 aa  47.8  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 356 aa  48.1  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 275 aa  48.1  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 309 aa  48.1  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 276 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 306 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 396 aa  47.8  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 410 aa  47.8  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 		 279 aa  47.8  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 270 aa  47.8  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>