132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1733 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 305 aa  617  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  46.69 
 
 		 263 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  46.64 
 
 		 263 aa  201  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0145  transcriptional regulator, AraC family  42.13 
 
 		 255 aa  162  7e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.818844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4320  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 255 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.400643  normal  0.300736 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  36.08 
 
 		 265 aa  129  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17370  hypothetical protein  37.56 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.0989396 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 244 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0111  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 274 aa  103  4e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 231 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 221 aa  100  4e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1932  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 236 aa  97.8  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.74 
 
 		 248 aa  95.5  9e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6449  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 239 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0160185 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  31.36 
 
 		 239 aa  94.7  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  34.63 
 
 		 229 aa  91.7  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2688  helix-turn-helix domain-containing protein  29 
 
 		 221 aa  87  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.977146  normal  0.242396 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 260 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6058  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.67 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 271 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 272 aa  77  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  26.77 
 
 		 272 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  34.39 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 273 aa  72  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 272 aa  70.5  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 		 287 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 		 267 aa  69.7  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0509  Helix-turn-helix, AraC domain protein  33.2 
 
 		 265 aa  69.3  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.591495 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 271 aa  67  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 278 aa  67  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  22.4 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  20.55 
 
 		 272 aa  65.1  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2581  Helix-turn-helix, AraC domain protein  30.89 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.042532  normal  0.012517 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 269 aa  65.5  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  33.55 
 
 		 266 aa  64.3  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  22.69 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  26.87 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 228 aa  63.9  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  27.37 
 
 		 269 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 		 252 aa  63.2  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 309 aa  62.4  0.000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  24.53 
 
 		 279 aa  62.4  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  23.94 
 
 		 257 aa  62  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  28.51 
 
 		 257 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5515  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 291 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184351  normal  0.0529906 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  32.57 
 
 		 271 aa  61.2  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  24.24 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  23.58 
 
 		 327 aa  60.8  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2737  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 262 aa  60.5  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0062511  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  23.74 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  23.16 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 277 aa  59.3  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  25.64 
 
 		 252 aa  58.9  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 259 aa  58.5  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 267 aa  57.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 275 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 244 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  22.49 
 
 		 280 aa  57.8  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  29.78 
 
 		 256 aa  57.8  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  24.56 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  25.7 
 
 		 256 aa  56.6  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  21.4 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 289 aa  55.1  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 257 aa  54.7  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  22.68 
 
 		 271 aa  54.3  0.000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 280 aa  54.7  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  22.73 
 
 		 252 aa  53.1  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  24.43 
 
 		 281 aa  53.1  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 271 aa  52.8  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 289 aa  52.4  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1931  helix-turn-helix, AraC type  25.35 
 
 		 274 aa  52.4  0.000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  18.97 
 
 		 251 aa  52  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0958  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.18 
 
 		 268 aa  52  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0644351  decreased coverage  0.00475018 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 253 aa  51.6  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 		 282 aa  51.2  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1671  Helix-turn-helix, AraC domain protein  33.33 
 
 		 261 aa  51.2  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 261 aa  50.4  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.78 
 
 		 255 aa  50.8  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1131  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 342 aa  50.4  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.079056 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  24.14 
 
 		 274 aa  50.1  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1713  AraC family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 253 aa  50.1  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4454  helix-turn-helix domain-containing protein  26.88 
 
 		 280 aa  49.3  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.663382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0979  transcriptional regulator, AraC family  31.45 
 
 		 279 aa  49.3  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560002  normal  0.0613388 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1004  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 351 aa  48.5  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  29.65 
 
 		 281 aa  48.9  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  37.33 
 
 		 273 aa  48.5  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>