More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2737 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2737  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 262 aa  536  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0062511  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 272 aa  208  7e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  37.7 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  37.12 
 
 		 257 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 228 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  31.03 
 
 		 272 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 273 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  21.59 
 
 		 269 aa  70.1  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  30.64 
 
 		 263 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  37.97 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  31.55 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  28.99 
 
 		 263 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1069  hypothetical protein  35.42 
 
 		 118 aa  65.1  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  41.89 
 
 		 275 aa  63.9  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 310 aa  62.4  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  40.54 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  23.79 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  38.03 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4026  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 276 aa  57  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.546725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3966  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 276 aa  57  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0381394 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3952  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 262 aa  57  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 282 aa  57  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 260 aa  56.6  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 269 aa  56.6  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2463  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2581  Helix-turn-helix, AraC domain protein  31.63 
 
 		 300 aa  56.6  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.042532  normal  0.012517 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  40.28 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2063  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 311 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 267 aa  55.8  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  39.73 
 
 		 287 aa  55.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0654  transcriptional regulator, AraC family  37.97 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0490278 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 		 268 aa  55.5  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1415  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 290 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.172682  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1891  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 294 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0574  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 290 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.389496  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0885  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 290 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2199  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 290 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.8 
 
 		 260 aa  55.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0958  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.78 
 
 		 268 aa  55.1  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0644351  decreased coverage  0.00475018 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0477  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 290 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.555067  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 266 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0973  transcriptional regulator, AraC family  45.07 
 
 		 260 aa  55.1  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  22.13 
 
 		 249 aa  54.3  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 		 271 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 308 aa  54.7  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  19.16 
 
 		 271 aa  54.3  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0043  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 266 aa  53.9  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 257 aa  54.3  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 297 aa  53.9  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  38.46 
 
 		 281 aa  53.5  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 334 aa  53.1  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  37.35 
 
 		 255 aa  53.5  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  35.14 
 
 		 263 aa  53.1  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 340 aa  53.1  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 322 aa  53.1  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 		 271 aa  52.8  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 277 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 277 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  32.46 
 
 		 239 aa  53.1  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  43.84 
 
 		 284 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  34.86 
 
 		 337 aa  52.8  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 337 aa  52.8  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 334 aa  52.8  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 244 aa  52.4  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  23.92 
 
 		 304 aa  52.4  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  34.31 
 
 		 334 aa  52.4  0.000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 280 aa  52  0.000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2690  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 351 aa  52  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671467 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.42 
 
 		 265 aa  52  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  32.95 
 
 		 224 aa  52  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 280 aa  52  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 271 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5307  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 264 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 281 aa  52  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 292 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0878  AraC family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 256 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776666  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  27.94 
 
 		 324 aa  51.6  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 309 aa  52  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0693  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3060  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 264 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  38.96 
 
 		 281 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 265 aa  52  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4961  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 264 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0263791 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 291 aa  51.2  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  29.33 
 
 		 316 aa  52  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  32.97 
 
 		 280 aa  51.6  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 284 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  28.65 
 
 		 246 aa  50.8  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0118  transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 285 aa  51.2  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.809265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  30.46 
 
 		 367 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4671  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 279 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 260 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0341  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.729431 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3416  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0904858  normal  0.667905 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 294 aa  51.2  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  32.35 
 
 		 339 aa  50.8  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  37.33 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 309 aa  50.8  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4563  transcriptional regulator, AraC family  35.53 
 
 		 255 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238722  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>