More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3797 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
257 aa  521  1e-147  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.78 
 
 
255 aa  224  1e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  41.37 
 
 
253 aa  191  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 
256 aa  168  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 
256 aa  166  5e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 
257 aa  155  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 
257 aa  148  7e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 
289 aa  116  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 
278 aa  108  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 
278 aa  107  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.2 
 
 
260 aa  107  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 
281 aa  102  5e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  30 
 
 
272 aa  102  8e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 
272 aa  101  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 
287 aa  92  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 
271 aa  89.7  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.26 
 
 
289 aa  89.4  5e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  28.69 
 
 
272 aa  88.6  9e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 
271 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 
244 aa  86.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 
273 aa  84  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 
279 aa  83.2  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 
289 aa  82.4  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 
279 aa  82  0.000000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 
269 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 
259 aa  80.9  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 
278 aa  80.1  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 
280 aa  80.1  0.00000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  36.21 
 
 
277 aa  79.3  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 
271 aa  77.8  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 
268 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  34.71 
 
 
271 aa  76.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 
275 aa  75.5  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 
269 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 
261 aa  72.4  0.000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5109  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 
330 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0905505  normal  0.0237076 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.9 
 
 
288 aa  70.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  25.6 
 
 
252 aa  70.1  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 
299 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  25.19 
 
 
298 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 
281 aa  68.9  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 
253 aa  68.2  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  22.17 
 
 
297 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1875  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 
294 aa  67  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 
327 aa  66.6  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 
271 aa  66.2  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 
271 aa  65.9  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.43 
 
 
252 aa  65.5  0.0000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  25.15 
 
 
244 aa  65.5  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 
304 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  25.32 
 
 
309 aa  65.5  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  22.78 
 
 
265 aa  65.1  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  35.19 
 
 
271 aa  64.3  0.000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 
274 aa  64.3  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 
271 aa  63.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3718  AraC family transcriptional regulator  32.87 
 
 
305 aa  63.5  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  25.46 
 
 
308 aa  62.8  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  25.56 
 
 
304 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  29.61 
 
 
246 aa  60.8  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  26.17 
 
 
249 aa  60.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 
274 aa  60.1  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 
251 aa  60.5  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  24.63 
 
 
282 aa  60.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 
246 aa  60.1  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 
310 aa  59.7  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 
331 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0497  helix-turn-helix domain-containing protein  25.81 
 
 
263 aa  59.7  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.516029  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 
275 aa  59.3  0.00000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
282 aa  58.5  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 
254 aa  58.5  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 
274 aa  58.5  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 
278 aa  58.2  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.56 
 
 
325 aa  58.2  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0383824  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  25.75 
 
 
306 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 
276 aa  57.4  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  26.1 
 
 
252 aa  57.8  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.29 
 
 
248 aa  57.8  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0145  Helix-turn-helix, AraC domain protein  24.61 
 
 
276 aa  57.4  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3824  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 
276 aa  57  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0118  transcriptional regulator, AraC family  29.27 
 
 
285 aa  57  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.809265  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2103  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 
253 aa  57  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.985837 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  37.21 
 
 
296 aa  57  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  26.67 
 
 
257 aa  56.6  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 
309 aa  56.2  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  30.22 
 
 
325 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  24.16 
 
 
272 aa  56.2  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0648  helix-turn-helix domain-containing protein  30.89 
 
 
354 aa  56.2  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.369087 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  24.07 
 
 
229 aa  56.2  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
272 aa  55.8  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  23.83 
 
 
273 aa  55.8  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  35.44 
 
 
261 aa  56.2  0.0000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 
278 aa  55.8  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  30.51 
 
 
277 aa  55.8  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  27.43 
 
 
280 aa  55.8  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0782  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 
131 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3070  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 
131 aa  55.5  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.362329  normal  0.0397869 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0030  transcriptional regulator, AraC family  38.57 
 
 
241 aa  55.5  0.0000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 
306 aa  55.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70530  AraC family transcriptional regulator  40.3 
 
 
266 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204165  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>