226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3318 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  100 
 
 		 239 aa  484  1e-136  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 221 aa  122  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.25 
 
 		 248 aa  120  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  38.26 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17370  hypothetical protein  33.98 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.0989396 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2688  helix-turn-helix domain-containing protein  37.66 
 
 		 221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.977146  normal  0.242396 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1932  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  34.05 
 
 		 265 aa  103  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  36.55 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  33.77 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6449  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 239 aa  98.2  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0160185 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  31.36 
 
 		 305 aa  94.7  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0145  transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 		 255 aa  93.2  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.818844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  30.73 
 
 		 263 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  28.44 
 
 		 263 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0111  AraC family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 274 aa  79.3  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  26.34 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  25.65 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 244 aa  75.9  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4320  AraC family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 255 aa  75.1  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.400643  normal  0.300736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 271 aa  73.6  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  25.65 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 252 aa  70.5  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  23.02 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6058  transcriptional regulator, AraC family  29.44 
 
 		 291 aa  68.6  0.00000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0509  Helix-turn-helix, AraC domain protein  33.91 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.591495 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  39.33 
 
 		 289 aa  64.7  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 289 aa  63.5  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0958  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.24 
 
 		 268 aa  62  0.000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0644351  decreased coverage  0.00475018 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  20.59 
 
 		 277 aa  61.6  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  24.07 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 297 aa  60.5  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  23.03 
 
 		 272 aa  60.1  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 285 aa  59.3  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 		 269 aa  59.3  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  22.37 
 
 		 299 aa  58.5  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 271 aa  58.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  21.57 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.52 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 282 aa  57  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 271 aa  57  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 267 aa  57  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.12 
 
 		 303 aa  56.2  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  24.46 
 
 		 281 aa  56.6  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 268 aa  55.8  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  29.05 
 
 		 272 aa  56.2  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  23.68 
 
 		 309 aa  55.8  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 281 aa  55.8  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 272 aa  54.3  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 297 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.43 
 
 		 325 aa  54.3  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0383824  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 246 aa  54.3  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 277 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3599  hypothetical protein  28.72 
 
 		 277 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 271 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 273 aa  53.5  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  24.04 
 
 		 257 aa  53.5  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  24.35 
 
 		 306 aa  52.8  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2737  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 262 aa  53.1  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0062511  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  24.07 
 
 		 287 aa  52.4  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  20 
 
 		 261 aa  52.4  0.000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  23.68 
 
 		 304 aa  52.4  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  22.17 
 
 		 271 aa  52.4  0.000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  23.43 
 
 		 260 aa  52  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0516  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 		 247 aa  52  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0659  hypothetical protein  28.19 
 
 		 277 aa  52  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0955  hypothetical protein  28.19 
 
 		 277 aa  52  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1925  hypothetical protein  28.19 
 
 		 277 aa  52  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.588858  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  24.04 
 
 		 298 aa  52  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  23.36 
 
 		 327 aa  51.2  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 		 280 aa  51.2  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0264  Helix-turn-helix, AraC domain protein  35.23 
 
 		 284 aa  51.2  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 304 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 268 aa  51.2  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3571  hypothetical protein  28.19 
 
 		 277 aa  51.6  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  24.87 
 
 		 308 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1151  helix-turn-helix domain-containing protein  28.7 
 
 		 265 aa  51.6  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  42.5 
 
 		 276 aa  50.4  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  19.43 
 
 		 288 aa  50.4  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 271 aa  51.2  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 256 aa  50.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 279 aa  50.4  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 401 aa  50.8  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 278 aa  50.4  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3589  AraC/XylS family transcription factor  27.66 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.843106  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0654  transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 264 aa  50.1  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0490278 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 291 aa  50.1  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 278 aa  50.1  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  33.12 
 
 		 281 aa  50.1  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 257 aa  49.7  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2498  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 245 aa  49.3  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  20.4 
 
 		 228 aa  49.3  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1875  AraC family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 294 aa  49.3  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 		 273 aa  49.3  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 256 aa  48.9  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2325  Helix-turn-helix, AraC domain protein  22.87 
 
 		 249 aa  49.3  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0165435  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 271 aa  48.9  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>