More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0106 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 325 aa  654    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0383824  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  58.05 
 
 		 276 aa  307  2.0000000000000002e-82  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  58.21 
 
 		 278 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  55.06 
 
 		 280 aa  277  1e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2463  transcriptional regulator, AraC family  35.39 
 
 		 248 aa  123  3e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0958  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.21 
 
 		 268 aa  122  6e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0644351  decreased coverage  0.00475018 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 282 aa  119  6e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  33.08 
 
 		 303 aa  119  9e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 271 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 271 aa  99.8  6e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0145  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.1 
 
 		 276 aa  87  4e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 246 aa  86.3  7e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  29.01 
 
 		 268 aa  85.5  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 267 aa  81.6  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 285 aa  81.6  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4454  helix-turn-helix domain-containing protein  27.37 
 
 		 280 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.663382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30.65 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0118  transcriptional regulator, AraC family  31.09 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.809265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2241  helix-turn-helix domain-containing protein  24.09 
 
 		 277 aa  72.4  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 519 aa  70.1  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4026  AraC family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 276 aa  69.7  0.00000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.546725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3966  AraC family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 276 aa  69.7  0.00000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0381394 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3952  AraC family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 262 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0687  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.50177  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0264  Helix-turn-helix, AraC domain protein  41.11 
 
 		 284 aa  67  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  25.86 
 
 		 252 aa  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0974  AraC family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 313 aa  62  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.323377  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  31.62 
 
 		 160 aa  62.4  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 409 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 244 aa  60.8  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  35.56 
 
 		 320 aa  60.8  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 228 aa  60.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 185 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 338 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 409 aa  59.3  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 409 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 333 aa  59.3  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  30.3 
 
 		 272 aa  59.3  0.00000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  29.45 
 
 		 361 aa  58.9  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  34.02 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 278 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  21.14 
 
 		 260 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  22.58 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 268 aa  58.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 257 aa  57.4  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  23.76 
 
 		 273 aa  57  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  26.18 
 
 		 309 aa  57  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0678  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 295 aa  57  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.364827 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  30.97 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  33.04 
 
 		 281 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1455  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  24.39 
 
 		 391 aa  56.2  0.0000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  29.35 
 
 		 1366 aa  56.2  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 310 aa  55.8  0.0000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 294 aa  55.5  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 287 aa  55.8  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 261 aa  55.8  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0468  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 357 aa  55.1  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 344 aa  55.1  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  34.04 
 
 		 294 aa  54.7  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  23 
 
 		 271 aa  54.7  0.000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  28.87 
 
 		 257 aa  55.1  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  39.33 
 
 		 289 aa  55.1  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  31.43 
 
 		 239 aa  55.1  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  21.5 
 
 		 271 aa  55.1  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 318 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0360  transcriptional regulator, AraC family  30.09 
 
 		 131 aa  54.7  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  28.57 
 
 		 255 aa  55.1  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0879  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000031891  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 338 aa  54.3  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2546  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  27.18 
 
 		 284 aa  54.3  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 250 aa  53.5  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 409 aa  53.9  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  31.4 
 
 		 277 aa  53.9  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 409 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2988  transcriptional regulator  31.73 
 
 		 314 aa  53.9  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 202 aa  53.5  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  25.25 
 
 		 296 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 338 aa  53.5  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 263 aa  53.1  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  42.67 
 
 		 229 aa  53.5  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 329 aa  53.1  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 284 aa  53.5  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 277 aa  53.1  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  27.12 
 
 		 290 aa  53.1  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 312 aa  53.1  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0696  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 276 aa  53.1  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 361 aa  53.1  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 409 aa  53.1  0.000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  27.37 
 
 		 287 aa  53.1  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 275 aa  53.1  0.000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  20.81 
 
 		 250 aa  53.1  0.000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 347 aa  52.8  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 347 aa  53.1  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 278 aa  53.1  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>