169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0974 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_0974  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  636    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.323377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0678  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.364827 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 276 aa  75.1  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 		 246 aa  67  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.78 
 
 		 325 aa  62.8  0.000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0383824  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 282 aa  62.4  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.57 
 
 		 303 aa  62.4  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0687  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.50177  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  24.25 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 297 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  26.11 
 
 		 272 aa  58.9  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  27.01 
 
 		 268 aa  57.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4454  helix-turn-helix domain-containing protein  29.41 
 
 		 280 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.663382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 267 aa  56.6  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  26.7 
 
 		 269 aa  56.6  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  24.31 
 
 		 271 aa  56.2  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 278 aa  55.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 271 aa  55.1  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 289 aa  53.9  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2781  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 207 aa  53.5  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.622728 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 		 309 aa  53.9  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0145  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.06 
 
 		 276 aa  52.8  0.000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  20.85 
 
 		 260 aa  52  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  22.95 
 
 		 277 aa  52  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 272 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  32.39 
 
 		 287 aa  51.6  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  21.35 
 
 		 269 aa  51.2  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.28 
 
 		 263 aa  51.2  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2463  transcriptional regulator, AraC family  28.65 
 
 		 248 aa  51.6  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1932  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 236 aa  50.8  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  38.3 
 
 		 289 aa  50.1  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0958  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 		 268 aa  49.7  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0644351  decreased coverage  0.00475018 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 273 aa  49.7  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  32.66 
 
 		 231 aa  49.3  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 261 aa  49.3  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 257 aa  48.9  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 310 aa  48.5  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4202  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 247 aa  48.9  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  31.61 
 
 		 275 aa  48.9  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  27.81 
 
 		 229 aa  48.9  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.03 
 
 		 260 aa  48.5  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 268 aa  47.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  34.88 
 
 		 331 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  32.14 
 
 		 310 aa  47.4  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  26.37 
 
 		 299 aa  47.4  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1931  helix-turn-helix, AraC type  31.58 
 
 		 274 aa  47  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  33.75 
 
 		 278 aa  47  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 278 aa  47  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  28.7 
 
 		 252 aa  47  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 260 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 281 aa  47  0.0005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  38.1 
 
 		 387 aa  46.6  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 309 aa  46.6  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3351  Helix-turn-helix, AraC domain protein  33.73 
 
 		 226 aa  47  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2811  transcriptional regulator, AraC family  36.13 
 
 		 303 aa  46.2  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  24.77 
 
 		 281 aa  46.6  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  37.08 
 
 		 224 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  30.71 
 
 		 278 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  37.08 
 
 		 265 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  36.26 
 
 		 256 aa  46.6  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3003  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 240 aa  46.2  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723875 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 313 aa  46.2  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5515  transcriptional regulator, AraC family  28.44 
 
 		 291 aa  45.8  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184351  normal  0.0529906 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 288 aa  45.8  0.0008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 278 aa  45.8  0.0009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 289 aa  45.8  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  37.08 
 
 		 356 aa  45.4  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 274 aa  45.4  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 279 aa  45.8  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3952  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 228 aa  45.4  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0590  transcriptional regulator  34.74 
 
 		 347 aa  45.4  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  35.92 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 345 aa  45.4  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4026  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 276 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.546725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3966  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 276 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0381394 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  27.98 
 
 		 305 aa  45.4  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 297 aa  45.4  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0264  Helix-turn-helix, AraC domain protein  35.53 
 
 		 284 aa  45.4  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 345 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0719  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 281 aa  45.8  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  36.72 
 
 		 257 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6584  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 112 aa  45.4  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796867  normal  0.163246 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  27.07 
 
 		 271 aa  44.3  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 256 aa  44.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 294 aa  45.1  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 284 aa  45.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  20.69 
 
 		 287 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 		 280 aa  45.1  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2851  transcriptional regulator with PAS/PAC sensors, AraC family  41.46 
 
 		 256 aa  44.7  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.595855 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1191  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 278 aa  45.1  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 282 aa  44.7  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.11 
 
 		 265 aa  44.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 272 aa  43.9  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2063  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 311 aa  43.9  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3060  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 264 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 254 aa  43.9  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>