More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4039 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 280 aa  559  1e-158  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  65.41 
 
 		 278 aa  323  2e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  59.35 
 
 		 276 aa  295  7e-79  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  55.06 
 
 		 325 aa  284  9e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0383824  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0958  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.21 
 
 		 268 aa  138  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0644351  decreased coverage  0.00475018 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2463  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  35.5 
 
 		 282 aa  119  6e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 271 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  33.99 
 
 		 303 aa  115  7.999999999999999e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  31.2 
 
 		 271 aa  99.4  5e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 309 aa  99.8  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 267 aa  97.1  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4454  helix-turn-helix domain-containing protein  30.3 
 
 		 280 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.663382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 285 aa  86.3  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0145  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.62 
 
 		 276 aa  85.9  7e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2241  helix-turn-helix domain-containing protein  29.77 
 
 		 277 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3952  AraC family transcriptional regulator  43 
 
 		 262 aa  82.4  0.000000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4026  AraC family transcriptional regulator  43 
 
 		 276 aa  82.4  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.546725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3966  AraC family transcriptional regulator  43 
 
 		 276 aa  82.4  0.000000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0381394 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0118  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 285 aa  80.9  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.809265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  29.68 
 
 		 263 aa  81.3  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 268 aa  79  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0264  Helix-turn-helix, AraC domain protein  42.86 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 269 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  22.69 
 
 		 272 aa  68.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 273 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  45.21 
 
 		 160 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 260 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  30.62 
 
 		 275 aa  63.9  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 228 aa  63.5  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 185 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 281 aa  62.8  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 277 aa  62.8  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 409 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0974  AraC family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.323377  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  45.45 
 
 		 229 aa  62.4  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 408 aa  62  0.000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  35.96 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 		 253 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 409 aa  61.2  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 271 aa  60.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 409 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  35.8 
 
 		 261 aa  61.2  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 281 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  22.48 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  40.85 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  21.78 
 
 		 412 aa  59.7  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0687  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.50177  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2535  transcriptional regulator, AraC family  25.34 
 
 		 408 aa  59.7  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 288 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  27.78 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  35.8 
 
 		 272 aa  59.3  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 268 aa  58.9  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 271 aa  58.9  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1131  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 342 aa  58.2  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.079056 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  24.59 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  21.32 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0872  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 382 aa  58.5  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.47 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 409 aa  57  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  34.02 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  25.36 
 
 		 280 aa  57.4  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4183  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.806695 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.72 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 278 aa  57  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  25.93 
 
 		 1366 aa  56.6  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 293 aa  56.6  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4394  AraC family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 266 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.140673 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  34.25 
 
 		 409 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 409 aa  57  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 297 aa  57  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 244 aa  56.6  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2833  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.360969  hitchhiker  0.00326998 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 332 aa  56.6  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3705  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  32.18 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0468  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 357 aa  56.2  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 274 aa  56.2  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 257 aa  55.8  0.0000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  38.55 
 
 		 257 aa  55.8  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 409 aa  55.5  0.0000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 304 aa  55.5  0.0000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 257 aa  55.5  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  27.32 
 
 		 309 aa  55.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 290 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>