More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5791 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 253 aa  518  1e-146  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.53 
 
 		 255 aa  223  2e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 257 aa  191  1e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  34.66 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 257 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  33.86 
 
 		 257 aa  148  8e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  33.62 
 
 		 256 aa  135  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 271 aa  105  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 289 aa  103  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 260 aa  99.8  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.08 
 
 		 260 aa  95.9  6e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 279 aa  90.5  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 		 271 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 272 aa  89.4  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  26.09 
 
 		 272 aa  87.4  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 269 aa  84.3  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  26.36 
 
 		 272 aa  82.4  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  23.62 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  29.94 
 
 		 269 aa  80.5  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  25.59 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 271 aa  79.7  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 261 aa  79.7  0.00000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 278 aa  79.3  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 280 aa  77  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.67 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 268 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 251 aa  73.2  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 281 aa  72.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  33.88 
 
 		 275 aa  72  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 		 252 aa  71.2  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  26.94 
 
 		 273 aa  70.1  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  23.19 
 
 		 271 aa  69.7  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  29.05 
 
 		 254 aa  67.4  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 271 aa  67  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 		 289 aa  65.9  0.0000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 275 aa  63.9  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  20.82 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 244 aa  63.2  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  22.9 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  31.63 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 276 aa  62.4  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  19.92 
 
 		 304 aa  62  0.000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  26.37 
 
 		 261 aa  61.2  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  21.32 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  22.18 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.76 
 
 		 288 aa  59.3  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  31.9 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  29.7 
 
 		 277 aa  58.9  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  23.28 
 
 		 309 aa  58.9  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  27.18 
 
 		 306 aa  58.5  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 271 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 229 aa  58.2  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 308 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3824  transcriptional regulator, AraC family  22.61 
 
 		 276 aa  57.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  40.58 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  24.05 
 
 		 281 aa  57  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  25.65 
 
 		 282 aa  57  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 297 aa  57  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 273 aa  56.2  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 304 aa  55.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4454  helix-turn-helix domain-containing protein  32.26 
 
 		 280 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.663382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 259 aa  54.7  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0497  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 263 aa  54.7  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.516029  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 277 aa  54.3  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  32.97 
 
 		 293 aa  53.9  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 285 aa  54.3  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1875  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 294 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 291 aa  54.3  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  34.44 
 
 		 306 aa  54.3  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  22.66 
 
 		 246 aa  53.5  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0392  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 234 aa  53.5  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 278 aa  53.5  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 		 272 aa  52.8  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  32.63 
 
 		 252 aa  52.8  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  34.44 
 
 		 296 aa  52.8  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 202 aa  52.4  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 274 aa  52.8  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 305 aa  52.4  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0264  Helix-turn-helix, AraC domain protein  34.12 
 
 		 284 aa  52  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 302 aa  52  0.000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.5 
 
 		 265 aa  52  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0441  transcriptional regulator  32.05 
 
 		 188 aa  51.6  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.586724  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 291 aa  51.6  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2581  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.67 
 
 		 300 aa  51.6  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.042532  normal  0.012517 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 		 332 aa  51.6  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 250 aa  50.8  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  39.19 
 
 		 269 aa  50.8  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 306 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 214 aa  50.8  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 270 aa  50.8  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>