More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1304 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 255 aa  519  1e-146  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 257 aa  224  1e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  43.53 
 
 		 253 aa  223  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 256 aa  156  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 257 aa  150  1e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 257 aa  148  8e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  30.45 
 
 		 256 aa  145  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 289 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.53 
 
 		 260 aa  104  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  25.59 
 
 		 278 aa  100  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 287 aa  96.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 271 aa  95.5  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 		 260 aa  92  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 268 aa  86.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.32 
 
 		 289 aa  85.5  8e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  22.8 
 
 		 281 aa  84.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 278 aa  84  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 271 aa  83.2  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 278 aa  83.6  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 272 aa  83.2  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 271 aa  81.3  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  23.75 
 
 		 279 aa  80.9  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  25.29 
 
 		 272 aa  80.9  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 269 aa  80.1  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 280 aa  78.6  0.00000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 261 aa  78.2  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  23.5 
 
 		 309 aa  73.9  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  22.71 
 
 		 244 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 244 aa  73.6  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  23.72 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 273 aa  72.4  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  26.57 
 
 		 275 aa  70.5  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  23.51 
 
 		 275 aa  70.5  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 281 aa  69.3  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  31.09 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  24.86 
 
 		 281 aa  68.9  0.00000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  20.23 
 
 		 297 aa  67  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  22.81 
 
 		 272 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 276 aa  64.7  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  22.39 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 269 aa  63.5  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  25.83 
 
 		 252 aa  63.5  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  22.76 
 
 		 279 aa  62.8  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  23.48 
 
 		 253 aa  62.8  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  32.65 
 
 		 299 aa  62  0.000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  32.73 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  21.35 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0497  helix-turn-helix domain-containing protein  25.22 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.516029  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0118  transcriptional regulator, AraC family  21.57 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.809265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  21.25 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  24.36 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  37.66 
 
 		 252 aa  58.5  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  24.74 
 
 		 280 aa  57.4  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 250 aa  56.6  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  22.14 
 
 		 273 aa  57  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  24.71 
 
 		 266 aa  56.2  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  23.46 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 267 aa  55.8  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  24.35 
 
 		 261 aa  55.8  0.0000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3070  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.362329  normal  0.0397869 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  36.9 
 
 		 250 aa  55.5  0.0000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 271 aa  55.5  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.18 
 
 		 288 aa  55.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  22.76 
 
 		 278 aa  54.7  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  25.73 
 
 		 271 aa  55.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  26.53 
 
 		 278 aa  54.7  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 277 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  32.14 
 
 		 304 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 246 aa  54.7  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  20.69 
 
 		 282 aa  54.3  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  28.09 
 
 		 306 aa  53.5  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 285 aa  53.5  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 251 aa  53.9  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 202 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 245 aa  53.5  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.59 
 
 		 325 aa  53.1  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 304 aa  53.1  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 327 aa  53.1  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  34.52 
 
 		 530 aa  52.8  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 271 aa  52.8  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2581  Helix-turn-helix, AraC domain protein  21.97 
 
 		 300 aa  53.1  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.042532  normal  0.012517 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  34.75 
 
 		 271 aa  52.8  0.000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2143  Helix-turn-helix, AraC domain protein  23.26 
 
 		 269 aa  52.8  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  35.14 
 
 		 246 aa  52.8  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 306 aa  52.8  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 271 aa  52.4  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  20.75 
 
 		 297 aa  52.4  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 355 aa  52.4  0.000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 308 aa  52  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  30.95 
 
 		 306 aa  52.4  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2672  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 270 aa  52  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2793  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 219 aa  52  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.537681  hitchhiker  0.00108463 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2980  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 268 aa  52  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.205259 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3824  transcriptional regulator, AraC family  28.05 
 
 		 276 aa  50.8  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3718  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 305 aa  51.2  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>