More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1875 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1875  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  608  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1930  AraC family transcriptional regulator  89.46 
 
 		 296 aa  518  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2103  AraC family transcriptional regulator  98.02 
 
 		 253 aa  511  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.985837 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  68.54 
 
 		 304 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  67.76 
 
 		 306 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  66.99 
 
 		 308 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  68.21 
 
 		 304 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  63.85 
 
 		 298 aa  375  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  26.88 
 
 		 272 aa  86.3  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 272 aa  79.3  0.00000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  27.49 
 
 		 257 aa  70.5  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6359  AraC family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 151 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 143 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 143 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6062  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 151 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  44.74 
 
 		 306 aa  67.4  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0778  transcriptional activator FtrA  39.33 
 
 		 324 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.221913  normal  0.0400061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 269 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3699  transcriptional activator FtrA  39.29 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507684  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3453  transcriptional activator FtrA  38.1 
 
 		 320 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 257 aa  67  0.0000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4913  transcriptional activator FtrA  38.1 
 
 		 320 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.860168  normal  0.680733 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6272  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 143 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0908996 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2287  transcriptional regulator, AraC family  39.18 
 
 		 328 aa  66.2  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322568  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  28.25 
 
 		 281 aa  66.2  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 306 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 306 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 332 aa  65.9  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4348  transcriptional activator FtrA  36.9 
 
 		 324 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000580095 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4864  transcriptional activator FtrA  36.9 
 
 		 324 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.427794  hitchhiker  0.000178687 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5373  transcriptional activator FtrA  36.9 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.379602  normal  0.0775766 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  43.24 
 
 		 261 aa  64.3  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  28.94 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 250 aa  62.8  0.000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 271 aa  62.8  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 306 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4737  transcriptional activator FtrA  38.2 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.27 
 
 		 289 aa  61.6  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  36.47 
 
 		 327 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2289  transcriptional regulator, AraC family  39.29 
 
 		 332 aa  61.6  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0296172  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5890  transcriptional activator FtrA  37.63 
 
 		 321 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 356 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6685  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  0.261527 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5842  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  23.62 
 
 		 246 aa  61.2  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6209  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00677646 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  32.22 
 
 		 126 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1215  transcriptional regulator, AraC family  43.24 
 
 		 356 aa  61.2  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.836684  normal  0.0161998 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 289 aa  61.2  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 		 328 aa  60.8  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  36 
 
 		 369 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 387 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2133  transcriptional regulator, AraC family  31.54 
 
 		 321 aa  60.5  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.82 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 369 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  50.75 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  36 
 
 		 374 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 343 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 346 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1392  transcriptional regulator  39.73 
 
 		 339 aa  60.1  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.683187  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 337 aa  60.1  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 346 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 346 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4827  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  23.16 
 
 		 254 aa  59.7  0.00000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 		 309 aa  59.7  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  44.59 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 338 aa  59.3  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4142  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 318 aa  59.3  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00637596  normal  0.887483 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 318 aa  59.3  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 277 aa  59.3  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 228 aa  59.3  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 134 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 336 aa  58.9  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1481  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 321 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4139  ThiJ/PfpI domain protein  35.29 
 
 		 321 aa  58.9  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  33.04 
 
 		 120 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5330  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 325 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0697804 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 281 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 341 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0835  transcriptional activator FtrA  30.95 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6612  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0782  AraC family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 131 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2808  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 330 aa  58.9  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.627946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  32.52 
 
 		 275 aa  58.5  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 329 aa  58.5  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 261 aa  58.5  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0964  transcriptional activator FtrA  30.95 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.368238  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6979  transcriptional regulator, AraC family  38.67 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>