More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6359 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6359  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 151 aa  296  8e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6062  AraC family transcriptional regulator  89.4 
 
 		 151 aa  261  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  88.81 
 
 		 143 aa  231  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  88.81 
 
 		 143 aa  231  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6272  AraC family transcriptional regulator  87.31 
 
 		 143 aa  228  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0908996 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0782  AraC family transcriptional regulator  63.73 
 
 		 131 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0792  AraC family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 163 aa  110  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.595246 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6584  AraC family transcriptional regulator  53 
 
 		 112 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796867  normal  0.163246 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1502  AraC family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 115 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.182478  normal  0.0194008 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3070  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 		 131 aa  96.7  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.362329  normal  0.0397869 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6083  transcriptional regulator, AraC family  54 
 
 		 142 aa  92.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.864918 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  46 
 
 		 277 aa  90.5  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0046  AraC family transcriptional regulator  49.46 
 
 		 131 aa  89.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 281 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 281 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 277 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  38.32 
 
 		 280 aa  83.2  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1549  transcriptional regulator, AraC family  47.83 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00923391  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 250 aa  82.8  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 277 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  46.99 
 
 		 313 aa  80.9  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 274 aa  80.5  0.000000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 278 aa  80.5  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  42 
 
 		 277 aa  80.5  0.000000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  42 
 
 		 284 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  42.15 
 
 		 281 aa  78.6  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  48 
 
 		 285 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  48 
 
 		 285 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 279 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3634  AraC family transcriptional regulator  48 
 
 		 300 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.480226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5279  AraC family transcriptional regulator  47 
 
 		 285 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  38.18 
 
 		 275 aa  77  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 278 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 276 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 279 aa  75.5  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 277 aa  75.1  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 278 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  57.38 
 
 		 264 aa  75.1  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  41.28 
 
 		 264 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 273 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  35.14 
 
 		 275 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  41.75 
 
 		 264 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  36.61 
 
 		 284 aa  74.3  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  32.77 
 
 		 278 aa  74.3  0.0000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 279 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  42.73 
 
 		 160 aa  74.3  0.0000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 312 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  33.33 
 
 		 280 aa  73.6  0.0000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  43.82 
 
 		 305 aa  73.9  0.0000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  35.54 
 
 		 277 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0220  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 432 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15358  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  38.53 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2317  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  40.24 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 271 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1878  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 432 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0305888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 278 aa  72  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  36.04 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0342  transcriptional regulatory protein  38.68 
 
 		 432 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.606755  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 278 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1793  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 432 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1112  transcriptional regulator, AraC family  41.57 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0424  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 432 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  42.7 
 
 		 257 aa  71.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0954  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 290 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.809333  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 284 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 314 aa  72  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1383  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 290 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108127  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2657  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 269 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  27.35 
 
 		 257 aa  71.6  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4119  AraC family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320929  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  41.86 
 
 		 273 aa  71.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  42.53 
 
 		 293 aa  71.2  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3022  AraC family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 269 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2799  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 269 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.0991111 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4111  transcriptional regulator, AraC family  40.87 
 
 		 299 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.596036  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4223  transcriptional regulator, AraC family  40.87 
 
 		 299 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  35.38 
 
 		 261 aa  70.5  0.000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  42.7 
 
 		 276 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2811  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 303 aa  70.5  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  39.08 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7070  transcriptional regulator AraC family  36.11 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2556  AraC-like transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.496188  normal  0.238367 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  44.32 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  40.43 
 
 		 180 aa  69.7  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 282 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 271 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4202  transcriptional regulator, AraC family  44.94 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3390  AraC family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 279 aa  68.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>