More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6083 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6083  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 142 aa  287  3e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.864918 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1502  AraC family transcriptional regulator  95.24 
 
 		 115 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.182478  normal  0.0194008 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6584  AraC family transcriptional regulator  73.79 
 
 		 112 aa  160  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796867  normal  0.163246 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0792  AraC family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 163 aa  108  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.595246 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6272  AraC family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 143 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0908996 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 143 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 143 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6062  AraC family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 151 aa  106  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6359  AraC family transcriptional regulator  54 
 
 		 151 aa  105  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0782  AraC family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 131 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3070  helix-turn-helix domain-containing protein  47.06 
 
 		 131 aa  97.4  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.362329  normal  0.0397869 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0046  AraC family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 131 aa  87.8  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  45.45 
 
 		 318 aa  83.6  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 270 aa  82.8  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6455  transcriptional regulator, AraC family  39.36 
 
 		 247 aa  81.6  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.138486  normal  0.0928109 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 313 aa  80.9  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 279 aa  80.1  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4315  AraC family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 270 aa  80.1  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.627035  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  37.5 
 
 		 280 aa  79  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1112  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 296 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  46.39 
 
 		 288 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  39.36 
 
 		 277 aa  78.6  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 314 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 278 aa  77.4  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2462  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 277 aa  75.5  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  36.63 
 
 		 280 aa  76.3  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 305 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 278 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 296 aa  75.1  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  39.78 
 
 		 273 aa  74.7  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 		 134 aa  74.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0973  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 260 aa  74.3  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 312 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  37.76 
 
 		 294 aa  73.9  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  39.78 
 
 		 336 aa  73.9  0.0000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4394  AraC family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 266 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.140673 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3162  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 285 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 277 aa  73.6  0.0000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 274 aa  73.6  0.0000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 281 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  37.76 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 281 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2811  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1385  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 272 aa  73.2  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.791872  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 277 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 271 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 278 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 278 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 271 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 278 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  37.76 
 
 		 275 aa  71.2  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 278 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  41.76 
 
 		 291 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 277 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 278 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 278 aa  71.6  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 312 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  37 
 
 		 265 aa  70.9  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 290 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 		 272 aa  70.9  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  37.96 
 
 		 264 aa  70.5  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  42.27 
 
 		 281 aa  70.5  0.000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  37.89 
 
 		 278 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1549  transcriptional regulator, AraC family  39.78 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00923391  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4111  transcriptional regulator, AraC family  42.39 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.596036  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4223  transcriptional regulator, AraC family  42.39 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  38.54 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 277 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 279 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5279  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 285 aa  69.3  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  40.66 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  38.04 
 
 		 266 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  41.41 
 
 		 160 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  35.05 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 278 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43580  putative transcriptional regulator  38.54 
 
 		 274 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.417491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70530  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 266 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2540  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 275 aa  68.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 366 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 291 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 285 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 285 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 288 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 188 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1393  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 277 aa  68.6  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>