85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1278 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 252 aa  512  1e-144  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2325  Helix-turn-helix, AraC domain protein  56.56 
 
 		 249 aa  263  2e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0165435  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  53.53 
 
 		 251 aa  257  1e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  50.61 
 
 		 252 aa  251  1e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  41.46 
 
 		 249 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 244 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 257 aa  65.5  0.0000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 269 aa  65.5  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1671  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.03 
 
 		 261 aa  62  0.000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 271 aa  60.8  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 253 aa  59.3  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 280 aa  58.2  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  34.83 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 254 aa  57  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 271 aa  57  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  21.61 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  22.98 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 292 aa  55.8  0.0000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17370  hypothetical protein  21.46 
 
 		 275 aa  55.5  0.0000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.0989396 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 261 aa  55.5  0.0000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 271 aa  54.7  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 244 aa  54.7  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  29.17 
 
 		 277 aa  54.7  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  25.97 
 
 		 271 aa  53.9  0.000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 278 aa  53.9  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 278 aa  53.5  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 260 aa  52.8  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  21.79 
 
 		 269 aa  52.4  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  21.51 
 
 		 309 aa  52.4  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  22.14 
 
 		 287 aa  52  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33 
 
 		 288 aa  52  0.000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  21.78 
 
 		 252 aa  51.6  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3326  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 307 aa  52  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.100814  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  21.67 
 
 		 265 aa  50.1  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1931  helix-turn-helix, AraC type  25.3 
 
 		 274 aa  50.1  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.61 
 
 		 260 aa  49.7  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  20.16 
 
 		 297 aa  50.1  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  24.44 
 
 		 272 aa  49.7  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 271 aa  50.1  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2581  Helix-turn-helix, AraC domain protein  30.88 
 
 		 300 aa  49.7  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.042532  normal  0.012517 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2688  helix-turn-helix domain-containing protein  27.37 
 
 		 221 aa  49.3  0.00006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.977146  normal  0.242396 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  21.48 
 
 		 246 aa  49.3  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1932  AraC family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 236 aa  48.9  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 268 aa  48.9  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 221 aa  48.9  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 264 aa  48.9  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  31.07 
 
 		 274 aa  48.5  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2980  transcriptional regulator, AraC family  33.78 
 
 		 268 aa  47.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.205259 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  20.41 
 
 		 273 aa  47.8  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2789  AraC family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 258 aa  47.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.548019  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  23.33 
 
 		 266 aa  47  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  29.07 
 
 		 272 aa  47  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1655  hypothetical protein  30.14 
 
 		 271 aa  46.6  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  22.77 
 
 		 253 aa  45.8  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2737  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 262 aa  45.4  0.0008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0062511  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2143  Helix-turn-helix, AraC domain protein  33.78 
 
 		 269 aa  45.4  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  22.12 
 
 		 229 aa  45.4  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  19.62 
 
 		 289 aa  43.9  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 		 263 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4385  transcriptional regulator, AraC family  32.22 
 
 		 323 aa  43.9  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.357896  decreased coverage  0.000854827 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  20.82 
 
 		 275 aa  44.7  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 272 aa  44.3  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 310 aa  44.3  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 257 aa  43.9  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  20 
 
 		 305 aa  43.5  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 228 aa  43.9  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  31.11 
 
 		 272 aa  43.5  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 256 aa  43.5  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.17 
 
 		 239 aa  43.5  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 253 aa  43.5  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  22.38 
 
 		 282 aa  43.1  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 285 aa  42.7  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  30.12 
 
 		 277 aa  42.7  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 251 aa  42.4  0.006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1191  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 		 278 aa  42.7  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1713  AraC family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 286 aa  42.4  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0145  transcriptional regulator, AraC family  25.25 
 
 		 255 aa  42  0.008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.818844  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 281 aa  42  0.009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  21.95 
 
 		 272 aa  42  0.01  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>