44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2980 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2980  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 268 aa  551  1e-156  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.205259 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2143  Helix-turn-helix, AraC domain protein  51.88 
 
 		 269 aa  273  3e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 271 aa  54.7  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  25.47 
 
 		 272 aa  53.5  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.67 
 
 		 260 aa  52.8  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  24.06 
 
 		 282 aa  52.4  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 257 aa  52.4  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  25.7 
 
 		 274 aa  52  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.44 
 
 		 255 aa  52  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  22.66 
 
 		 244 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  26.47 
 
 		 269 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  24.87 
 
 		 281 aa  51.2  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  28.09 
 
 		 299 aa  50.1  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 252 aa  49.7  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  23.26 
 
 		 277 aa  49.3  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 221 aa  48.9  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 274 aa  48.9  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 277 aa  48.1  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.78 
 
 		 252 aa  47.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 251 aa  47.4  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 268 aa  47  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 271 aa  47.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 257 aa  46.6  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  22.75 
 
 		 256 aa  45.8  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  23.67 
 
 		 273 aa  45.4  0.0009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 278 aa  45.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  22.35 
 
 		 239 aa  45.4  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  24.29 
 
 		 304 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  24.02 
 
 		 272 aa  44.7  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 282 aa  44.3  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 306 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  22.98 
 
 		 253 aa  44.3  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  22.95 
 
 		 256 aa  43.9  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  32.1 
 
 		 251 aa  43.5  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 260 aa  43.5  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  34.48 
 
 		 249 aa  43.5  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 257 aa  43.1  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2688  helix-turn-helix domain-containing protein  31.91 
 
 		 221 aa  43.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.977146  normal  0.242396 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0134  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 343 aa  43.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.393032  normal  0.761284 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  22.73 
 
 		 254 aa  42.7  0.006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  29.81 
 
 		 252 aa  42.7  0.006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  23.46 
 
 		 246 aa  42.4  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0025  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 349 aa  42.4  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.258502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 278 aa  42  0.01  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>