More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2746 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2746  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 264 aa  552  1e-156  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.902284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0769  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 266 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1151  helix-turn-helix domain-containing protein  27.51 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2765  transcriptional regulator, AraC family  23.35 
 
 		 270 aa  88.2  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0588178  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2858  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 270 aa  87.8  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141433  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2080  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 271 aa  88.2  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.209158 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2672  AraC family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 270 aa  87.4  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0654  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 264 aa  85.9  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0490278 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2022  transcriptional regulator, AraC family  23.86 
 
 		 282 aa  76.3  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0521834 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 233 aa  72  0.000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  32.8 
 
 		 180 aa  70.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43580  putative transcriptional regulator  25.4 
 
 		 274 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.417491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  25.79 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 277 aa  68.6  0.00000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  25.88 
 
 		 257 aa  68.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2199  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 264 aa  65.9  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.379945  hitchhiker  0.00764507 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 273 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 517 aa  65.5  0.0000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  23.01 
 
 		 313 aa  65.5  0.0000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 276 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 276 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  40.51 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 276 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2462  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 267 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  32.73 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 271 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0693  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 539 aa  63.5  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6111  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.863833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  37.8 
 
 		 1366 aa  63.2  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 279 aa  62.8  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 506 aa  62.8  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 279 aa  62.8  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 519 aa  62.4  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 270 aa  62.4  0.000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  34.44 
 
 		 160 aa  62  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  29.77 
 
 		 265 aa  62  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  32.04 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  32.04 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  27.33 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  32.04 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  32.04 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  32.04 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  35.8 
 
 		 126 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 277 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 143 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  32.04 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0475  AraC family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 271 aa  61.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0515677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 143 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0667  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6523  transcriptional regulator, AraC family  34.88 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.399934 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 279 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3380  helix-turn-helix domain-containing protein  35.51 
 
 		 288 aa  61.2  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 411 aa  60.1  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8405  transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  34.02 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 409 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 409 aa  60.1  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6062  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 151 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  29.41 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  31.07 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 281 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  29.41 
 
 		 270 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.69 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  32.04 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 409 aa  59.7  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4483  AraC-like transcriptional regulator  26.84 
 
 		 336 aa  59.3  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000135378 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 281 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2046  transcriptional regulator, AraC family  35.44 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.344929  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  34 
 
 		 272 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 312 aa  59.3  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>