225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_4807 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_4807  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55240  hypothetical protein  94.57 
 
 		 221 aa  361  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000168814 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3297  AraC family transcriptional regulator  47.03 
 
 		 228 aa  159  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2373  transcriptional regulator, AraC family  40.87 
 
 		 234 aa  126  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0015649  normal  0.589788 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2317  AraC family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 233 aa  97.1  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4554  AraC family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 256 aa  93.2  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0213  AraC family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 223 aa  89.4  4e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 257 aa  89  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 257 aa  89  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3649  helix-turn-helix domain-containing protein  32.65 
 
 		 256 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3684  helix-turn-helix domain-containing protein  33.19 
 
 		 287 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.2904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02039  putative DNA-binding protein  27.75 
 
 		 249 aa  86.7  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5690  AraC family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 260 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.313286 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5321  helix-turn-helix domain-containing protein  32.77 
 
 		 260 aa  87  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.833678 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4867  helix-turn-helix domain-containing protein  30.73 
 
 		 273 aa  81.6  0.000000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 278 aa  78.2  0.00000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  31.84 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5231  helix-turn-helix domain-containing protein  31.41 
 
 		 267 aa  71.2  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2575  hypothetical protein  27.78 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5753  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2303  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 251 aa  68.9  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0665  helix-turn-helix domain-containing protein  38.78 
 
 		 270 aa  68.9  0.00000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4435  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 		 262 aa  68.6  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681561  normal  0.0120203 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3884  transcriptional regulator, AraC family  33.56 
 
 		 268 aa  68.2  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369279  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4941  transcriptional regulator, AraC family  24.36 
 
 		 276 aa  66.6  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2796  helix-turn-helix domain-containing protein  37.37 
 
 		 257 aa  65.1  0.0000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.586301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4467  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 288 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2709  helix-turn-helix domain-containing protein  27.95 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.263272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2201  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 275 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.507033 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3263  AraC family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 274 aa  58.5  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.534649  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 269 aa  58.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  40.91 
 
 		 279 aa  57.4  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3204  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.19869  normal  0.466568 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2432  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28452  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1743  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295048  normal  0.345273 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3351  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.48 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5394  transcriptional regulator, AraC family  43.42 
 
 		 229 aa  55.1  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.551165 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 269 aa  54.3  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1004  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 351 aa  54.3  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 277 aa  52.8  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0671  AraC family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 263 aa  52.8  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1112  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 296 aa  52.4  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  29.49 
 
 		 278 aa  51.6  0.000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15970  transcriptional regulator, AraC family  29.93 
 
 		 249 aa  51.6  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000193936 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 311 aa  50.4  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 294 aa  49.3  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  29.52 
 
 		 275 aa  49.3  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 337 aa  49.7  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 279 aa  49.3  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2731  Helix-turn-helix, AraC domain protein  38.14 
 
 		 261 aa  49.3  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 275 aa  48.9  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  29.81 
 
 		 275 aa  48.9  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000327  transcriptional regulator AraC family  27.97 
 
 		 322 aa  48.9  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000791228  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 		 278 aa  48.9  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3921  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 327 aa  48.5  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.441659  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 282 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 351 aa  47.8  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0165  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 298 aa  47.8  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 271 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 271 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 271 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 270 aa  48.1  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 282 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  27.91 
 
 		 265 aa  47  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 357 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3514  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 334 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505982  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 280 aa  47  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2481  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 331 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25538 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 276 aa  47  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3066  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 275 aa  47  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3152  sigma-54 factor, interaction region  27.84 
 
 		 440 aa  47  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 276 aa  47  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 360 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 360 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 266 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 351 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 334 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  35.53 
 
 		 268 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 355 aa  47  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 387 aa  46.6  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 357 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 277 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  33.7 
 
 		 396 aa  46.6  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4209  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 275 aa  46.6  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0776695  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4319  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 259 aa  46.6  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15706 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  32.26 
 
 		 356 aa  46.6  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 329 aa  46.6  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3822  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 282 aa  46.6  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  34.19 
 
 		 264 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 357 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 363 aa  46.6  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  33.7 
 
 		 396 aa  46.6  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 410 aa  46.6  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  24.71 
 
 		 257 aa  46.6  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  29.24 
 
 		 278 aa  46.2  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3111  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.02 
 
 		 314 aa  46.2  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.406543  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4246  AraC family transcriptional regulator  21.67 
 
 		 273 aa  46.2  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0186  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 452 aa  46.2  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 279 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>