189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3263 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3263  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 274 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.534649  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2201  AraC family transcriptional regulator  87.64 
 
 		 275 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.507033 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2432  transcriptional regulator, AraC family  79.12 
 
 		 274 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28452  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3204  AraC family transcriptional regulator  69.96 
 
 		 273 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.19869  normal  0.466568 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0671  AraC family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 263 aa  288  9e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4941  transcriptional regulator, AraC family  48.19 
 
 		 276 aa  206  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4867  helix-turn-helix domain-containing protein  29.19 
 
 		 273 aa  73.6  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  28.27 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5690  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 260 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.313286 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5321  helix-turn-helix domain-containing protein  27.82 
 
 		 260 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.833678 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3684  helix-turn-helix domain-containing protein  27 
 
 		 287 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.2904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4467  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5231  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 267 aa  62  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4435  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 262 aa  60.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681561  normal  0.0120203 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3649  helix-turn-helix domain-containing protein  29.47 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3297  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1743  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295048  normal  0.345273 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0665  helix-turn-helix domain-containing protein  26.88 
 
 		 270 aa  58.9  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4554  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 256 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2373  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0015649  normal  0.589788 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 264 aa  55.5  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 263 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 361 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5753  AraC family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 287 aa  53.5  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 269 aa  53.5  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2575  hypothetical protein  27.36 
 
 		 247 aa  53.1  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  32.98 
 
 		 497 aa  53.1  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3884  transcriptional regulator, AraC family  23.65 
 
 		 268 aa  53.1  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369279  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 292 aa  52.4  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 257 aa  52.8  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 278 aa  52.8  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 257 aa  52.8  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 351 aa  52  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  27.97 
 
 		 537 aa  52.4  0.000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 293 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 293 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 430 aa  51.2  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 293 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  24.17 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5394  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 229 aa  50.8  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.551165 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2709  helix-turn-helix domain-containing protein  27.17 
 
 		 234 aa  49.7  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.263272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 279 aa  49.7  0.00006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3718  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 305 aa  49.3  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2317  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 233 aa  48.9  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.78 
 
 		 242 aa  48.1  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.56 
 
 		 325 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3711  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 305 aa  47.4  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.483764  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3295  transcriptional regulator, AraC family  29.01 
 
 		 285 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2474  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 310 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.446232  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 519 aa  47.8  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01153  transcriptional regulator  26.42 
 
 		 283 aa  47.4  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.593212  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2598  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 320 aa  48.1  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 293 aa  47.4  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 293 aa  47.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 134 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1375  AraC family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 294 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000191451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  33.7 
 
 		 261 aa  47.4  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4214  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 305 aa  47.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 311 aa  47  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 247 aa  46.6  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 143 aa  46.6  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1235  transcriptional regulator, AraC family  24.58 
 
 		 282 aa  46.6  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 143 aa  46.6  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 120 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6062  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 151 aa  46.6  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  28.35 
 
 		 292 aa  46.6  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 343 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 522 aa  46.2  0.0006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  26.06 
 
 		 292 aa  46.2  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 281 aa  45.8  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  45.8  0.0008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 248 aa  45.8  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 287 aa  45.8  0.0008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  45.8  0.0008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  45.8  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  45.8  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  45.8  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  45.8  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.53 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2183  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 297 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 299 aa  45.4  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 285 aa  45.4  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3216  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 334 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.499109  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  25.53 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55240  hypothetical protein  31.52 
 
 		 221 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000168814 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 364 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3278  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 334 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3227  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 334 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.130306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.58 
 
 		 342 aa  45.4  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 		 291 aa  45.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 337 aa  45.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4147  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 331 aa  45.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.277047  normal  0.903101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 123 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3981  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 311 aa  45.4  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 299 aa  45.4  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 375 aa  45.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>