More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3718 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3718  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  620  1e-177  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0847  AraC family transcriptional regulator  56.79 
 
 		 280 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.664852 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4722  AraC family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 285 aa  318  7e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3295  transcriptional regulator, AraC family  57.91 
 
 		 285 aa  318  9e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1299  AraC family transcriptional regulator  56.47 
 
 		 285 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.736083 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0667  helix-turn-helix domain-containing protein  51.08 
 
 		 297 aa  275  7e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.145223  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0166  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 284 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3708  AraC family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4820  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 274 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6066  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 289 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.576026  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  31.01 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  35.78 
 
 		 202 aa  68.9  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 304 aa  68.9  0.00000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  28.07 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 223 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  26 
 
 		 271 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  33.71 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  33.71 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  30.12 
 
 		 270 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 97 aa  66.2  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 306 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 319 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 308 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 162 aa  65.9  0.0000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  32.38 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 312 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 339 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  24.55 
 
 		 350 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 318 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 322 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 250 aa  64.3  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  29.25 
 
 		 331 aa  63.9  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 350 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 257 aa  63.5  0.000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  30.84 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  25.47 
 
 		 320 aa  63.2  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4856  negative transcriptional regulator of cel operon  26.36 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  31.31 
 
 		 356 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  22.41 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  31.53 
 
 		 261 aa  62.4  0.000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 311 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 		 322 aa  62.8  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 288 aa  62.4  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43580  putative transcriptional regulator  34.94 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.417491  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 317 aa  62.4  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  26.15 
 
 		 274 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  34.74 
 
 		 289 aa  62  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4782  negative transcriptional regulator of cel operon  25.97 
 
 		 271 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0663748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 261 aa  62  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 286 aa  62  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 344 aa  61.2  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  28.44 
 
 		 180 aa  61.6  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 357 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  39.36 
 
 		 160 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0193  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 327 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 		 262 aa  61.2  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1665  transcriptional regulator, AraC family  22.4 
 
 		 271 aa  60.8  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127281  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 355 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 255 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  31.34 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 357 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  27.86 
 
 		 396 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  29.5 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 410 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 316 aa  60.8  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 357 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 329 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>