254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3204 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3204  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 273 aa  550  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.19869  normal  0.466568 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2432  transcriptional regulator, AraC family  69.23 
 
 		 274 aa  367  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28452  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2201  AraC family transcriptional regulator  68.98 
 
 		 275 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.507033 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3263  AraC family transcriptional regulator  69.96 
 
 		 274 aa  360  9e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.534649  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0671  AraC family transcriptional regulator  59.2 
 
 		 263 aa  296  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4941  transcriptional regulator, AraC family  47.39 
 
 		 276 aa  211  7.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5231  helix-turn-helix domain-containing protein  29.31 
 
 		 267 aa  73.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4467  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4867  helix-turn-helix domain-containing protein  28.78 
 
 		 273 aa  68.6  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0665  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 270 aa  64.3  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  26.27 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1743  AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295048  normal  0.345273 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3884  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 268 aa  60.8  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369279  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 351 aa  60.1  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 278 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4435  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681561  normal  0.0120203 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3649  helix-turn-helix domain-containing protein  33.72 
 
 		 256 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128425  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2731  Helix-turn-helix, AraC domain protein  37.38 
 
 		 261 aa  56.6  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5690  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.313286 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5321  helix-turn-helix domain-containing protein  26.09 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.833678 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4554  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3684  helix-turn-helix domain-containing protein  35.9 
 
 		 287 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.2904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2474  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 310 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.446232  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5394  transcriptional regulator, AraC family  34.18 
 
 		 229 aa  54.7  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.551165 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5753  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 287 aa  54.3  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 519 aa  53.1  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  34 
 
 		 242 aa  53.5  0.000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 257 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3330  AraC-like transcriptional regulator  30.65 
 
 		 317 aa  53.1  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 257 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 430 aa  53.1  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.07 
 
 		 325 aa  52.8  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 351 aa  52.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3297  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 228 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2575  hypothetical protein  25.94 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  22.5 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 296 aa  50.4  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 291 aa  50.4  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8405  transcriptional regulator, AraC family  37.36 
 
 		 273 aa  50.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2598  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 320 aa  49.7  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3718  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 305 aa  49.3  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3351  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.41 
 
 		 226 aa  49.3  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.59 
 
 		 310 aa  48.9  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.59 
 
 		 310 aa  49.3  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  24.79 
 
 		 291 aa  48.9  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  23.48 
 
 		 530 aa  48.9  0.00009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  30.93 
 
 		 393 aa  48.1  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  29.47 
 
 		 360 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2709  helix-turn-helix domain-containing protein  29.59 
 
 		 234 aa  48.5  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.263272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6669  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 338 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0360176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32 
 
 		 314 aa  48.5  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5825  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 338 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667262  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 143 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3216  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 334 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.499109  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 361 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 		 360 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6190  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 338 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636005  normal  0.381887 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 143 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3278  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 334 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3227  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 334 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.130306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 316 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0968  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 302 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31 
 
 		 316 aa  47.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31 
 
 		 310 aa  47.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31 
 
 		 310 aa  47.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31 
 
 		 310 aa  47.8  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.59 
 
 		 305 aa  47.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000211757 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3150  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 262 aa  47.4  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  27.36 
 
 		 497 aa  48.1  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1947  AraC-like transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  48.1  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  25.41 
 
 		 537 aa  47.4  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 337 aa  47  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7736  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 338 aa  47.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  29.47 
 
 		 356 aa  47.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.6 
 
 		 294 aa  47  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0847  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 280 aa  47.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.664852 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1307  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 357 aa  47.4  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0920  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 313 aa  46.6  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0175793  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  30.93 
 
 		 396 aa  47  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15970  transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 249 aa  47  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000193936 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 281 aa  46.6  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 355 aa  47  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0723  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 331 aa  46.6  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.065718 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  33.61 
 
 		 303 aa  46.6  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  30.93 
 
 		 396 aa  47  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 410 aa  46.6  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  34.04 
 
 		 261 aa  47  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6272  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 143 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0908996 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 462 aa  46.6  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6584  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 112 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796867  normal  0.163246 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 276 aa  46.2  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 360 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 360 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 357 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  46.2  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 314 aa  46.2  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 329 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5726  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 323 aa  45.8  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.869518 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>