More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0847 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0847  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 280 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.664852 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4722  AraC family transcriptional regulator  61.15 
 
 		 285 aa  338  5e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3718  AraC family transcriptional regulator  56.79 
 
 		 305 aa  333  2e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1299  AraC family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 285 aa  328  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.736083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3295  transcriptional regulator, AraC family  58.27 
 
 		 285 aa  326  3e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0667  helix-turn-helix domain-containing protein  58.51 
 
 		 297 aa  311  4.999999999999999e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.145223  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0166  AraC family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 284 aa  198  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3708  AraC family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 278 aa  171  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4820  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 274 aa  122  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6066  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.576026  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 316 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  31.13 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 361 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  36.79 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  30.23 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 154 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  32.67 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 		 300 aa  72  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 294 aa  68.9  0.00000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 289 aa  68.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 301 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  31.19 
 
 		 331 aa  68.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 		 297 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0866  transcriptional regulator, AraC family  23.81 
 
 		 251 aa  68.2  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  29.79 
 
 		 272 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.55 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  30.16 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0650  transcriptional regulator, AraC family  23.44 
 
 		 251 aa  67.4  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 318 aa  67.4  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 250 aa  66.2  0.0000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 366 aa  66.2  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  32.06 
 
 		 387 aa  66.2  0.0000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 311 aa  66.6  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4575  transcriptional regulator  27.45 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 318 aa  65.9  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1692  AraC family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 351 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000028699  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 278 aa  65.5  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 133 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  29.27 
 
 		 287 aa  64.7  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 273 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 144 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 112 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 291 aa  63.5  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 322 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1350  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 349 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.956797  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  30.66 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  39.29 
 
 		 289 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4999  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2690  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671467 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  32.67 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3224  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 326 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3262  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 326 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3276  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 348 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 168 aa  62.4  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 306 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 319 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 306 aa  62.4  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 296 aa  62.4  0.000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  30.77 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 292 aa  62  0.000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 		 282 aa  62.4  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  25.93 
 
 		 328 aa  62.4  0.000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 97 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 301 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  32 
 
 		 356 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 301 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 285 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 271 aa  62  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 346 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 308 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>