More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6066 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6066  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 289 aa  588  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.576026  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3708  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4820  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 274 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4722  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1299  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.736083 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0667  helix-turn-helix domain-containing protein  31.56 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.145223  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0847  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 280 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.664852 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3295  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0166  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3718  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 305 aa  103  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  36.7 
 
 		 273 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 273 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 1201 aa  69.3  0.00000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  33.09 
 
 		 277 aa  68.9  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2651  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 318 aa  67.4  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0391115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 295 aa  67  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  67.4  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 287 aa  67  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 282 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 260 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  34.19 
 
 		 281 aa  65.1  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 513 aa  65.5  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 287 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  32.67 
 
 		 497 aa  64.3  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4394  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.140673 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  32.71 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  33.7 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  29.46 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0565  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 345 aa  63.2  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  29.46 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1665  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 271 aa  62.8  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127281  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 366 aa  62.8  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  34.35 
 
 		 288 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2849  AraC family transcription regulator  31.82 
 
 		 348 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  33.03 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1774  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 347 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2690  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 351 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671467 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2729  AraC family transcription regulator  31.82 
 
 		 345 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 286 aa  62  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2788  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 345 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  33.02 
 
 		 332 aa  61.6  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 154 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23290  transcriptional regulator, AraC family  23.7 
 
 		 276 aa  61.2  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2332  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000141159  normal  0.457995 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 256 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1946  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.609227  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.91 
 
 		 415 aa  61.6  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0432  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  32.71 
 
 		 294 aa  60.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1156  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 346 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.131612 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4290  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 347 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2924  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 349 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817827  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1502  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 115 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.182478  normal  0.0194008 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2126  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 346 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.330362  normal  0.517633 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0699  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 346 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1557  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 349 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150137  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1178  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 346 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1060  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 515 aa  60.1  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 322 aa  60.1  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 760 aa  60.1  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1057  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 346 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0171524  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4246  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 273 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0213  transcriptional regulator, AraC family protein  34 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00887507 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  34.29 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02220  Transcriptional regulator, AraC-family  32.35 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  28 
 
 		 331 aa  59.7  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  30.15 
 
 		 260 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 367 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  29.85 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1788  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 350 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.432014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  27.59 
 
 		 367 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4287  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  59.3  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>