184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2201 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2201  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 275 aa  557  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.507033 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3263  AraC family transcriptional regulator  88.73 
 
 		 274 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.534649  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2432  transcriptional regulator, AraC family  80.29 
 
 		 274 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28452  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3204  AraC family transcriptional regulator  69.34 
 
 		 273 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.19869  normal  0.466568 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0671  AraC family transcriptional regulator  58.89 
 
 		 263 aa  297  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4941  transcriptional regulator, AraC family  48.8 
 
 		 276 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4867  helix-turn-helix domain-containing protein  30.24 
 
 		 273 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5690  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.313286 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5321  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.833678 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4467  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 288 aa  72  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3684  helix-turn-helix domain-containing protein  27.76 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.2904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  24.81 
 
 		 261 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5231  helix-turn-helix domain-containing protein  25.96 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1743  AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295048  normal  0.345273 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3649  helix-turn-helix domain-containing protein  34.88 
 
 		 256 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3297  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2731  Helix-turn-helix, AraC domain protein  37.82 
 
 		 261 aa  57.8  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0665  helix-turn-helix domain-containing protein  31.68 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4435  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 262 aa  55.5  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681561  normal  0.0120203 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 269 aa  55.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 264 aa  55.5  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  28.8 
 
 		 537 aa  54.3  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5753  AraC family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 287 aa  53.9  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 278 aa  52.8  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 351 aa  52.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3884  transcriptional regulator, AraC family  25.13 
 
 		 268 aa  52.8  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369279  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5394  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 229 aa  52.4  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.551165 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2575  hypothetical protein  27.14 
 
 		 247 aa  52.4  0.000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  32.98 
 
 		 497 aa  52  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2373  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 234 aa  52  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0015649  normal  0.589788 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 292 aa  51.6  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 361 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4554  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 256 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 430 aa  50.8  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 522 aa  51.2  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 297 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 287 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 257 aa  50.1  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  22.32 
 
 		 250 aa  50.1  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2317  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 233 aa  50.1  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 257 aa  50.1  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 287 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 287 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 287 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 287 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 316 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 293 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 293 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 293 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 263 aa  49.7  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 247 aa  49.3  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.78 
 
 		 242 aa  49.3  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2709  helix-turn-helix domain-containing protein  31.63 
 
 		 234 aa  49.3  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.263272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3295  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 285 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2474  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 310 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.446232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 143 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 143 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  48.5  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3718  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 305 aa  48.5  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 311 aa  48.1  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0526  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 300 aa  47.8  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2619  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 450 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0177667  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0847  AraC family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 280 aa  47.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.664852 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2598  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 320 aa  47.4  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6062  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 151 aa  46.6  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 287 aa  46.6  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 248 aa  46.6  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4214  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 305 aa  46.6  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.77 
 
 		 325 aa  46.6  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3711  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 305 aa  46.2  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.483764  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6272  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 143 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0908996 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 281 aa  46.2  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 293 aa  45.8  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 293 aa  45.8  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2183  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 297 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.53 
 
 		 318 aa  45.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 318 aa  45.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 134 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.31 
 
 		 294 aa  45.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 318 aa  45.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15970  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 249 aa  45.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000193936 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2035  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 243 aa  45.4  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3216  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 334 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.499109  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  25.53 
 
 		 318 aa  45.1  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 288 aa  45.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 299 aa  45.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 275 aa  45.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3278  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 334 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  32.32 
 
 		 307 aa  45.4  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3227  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 334 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.130306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 343 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 299 aa  45.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 318 aa  45.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1375  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 294 aa  45.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000191451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  30.26 
 
 		 120 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 519 aa  44.7  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 318 aa  45.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 375 aa  45.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>