More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3297 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3297  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  453  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55240  hypothetical protein  47.49 
 
 		 221 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000168814 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4807  AraC family transcriptional regulator  47.03 
 
 		 221 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2373  transcriptional regulator, AraC family  40.19 
 
 		 234 aa  127  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0015649  normal  0.589788 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2317  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3649  helix-turn-helix domain-containing protein  33.05 
 
 		 256 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  27.62 
 
 		 264 aa  89.7  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 257 aa  89.4  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 257 aa  89.4  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4554  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 256 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3351  Helix-turn-helix, AraC domain protein  32 
 
 		 226 aa  85.5  7e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5321  helix-turn-helix domain-containing protein  29.39 
 
 		 260 aa  85.1  9e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.833678 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5690  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 260 aa  85.1  9e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.313286 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3684  helix-turn-helix domain-containing protein  29.51 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.2904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02039  putative DNA-binding protein  28.7 
 
 		 249 aa  83.2  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 278 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0213  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0665  helix-turn-helix domain-containing protein  39.62 
 
 		 270 aa  78.2  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5231  helix-turn-helix domain-containing protein  32.81 
 
 		 267 aa  75.9  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150929  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3884  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 268 aa  75.1  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369279  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4867  helix-turn-helix domain-containing protein  30.59 
 
 		 273 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2709  helix-turn-helix domain-containing protein  27.56 
 
 		 234 aa  71.6  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.263272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4435  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681561  normal  0.0120203 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2796  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 257 aa  68.9  0.00000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.586301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4467  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  27.48 
 
 		 261 aa  66.2  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2303  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4941  transcriptional regulator, AraC family  36.04 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5394  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.551165 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2575  hypothetical protein  41.18 
 
 		 247 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  42.47 
 
 		 269 aa  62.4  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 311 aa  62.4  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0671  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 263 aa  62  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  43.88 
 
 		 341 aa  61.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 337 aa  60.8  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  41.84 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  39.81 
 
 		 332 aa  60.5  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3263  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.534649  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3877  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2432  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 274 aa  58.9  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28452  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000327  transcriptional regulator AraC family  31.43 
 
 		 322 aa  58.5  0.00000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000791228  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2201  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 275 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.507033 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5753  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4842  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 337 aa  57  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.195064 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 288 aa  56.2  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2462  transcriptional regulator  34 
 
 		 337 aa  56.2  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  34.04 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5747  transcriptional regulator AraC family  35.71 
 
 		 317 aa  55.8  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807364  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 312 aa  55.8  0.0000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3767  transcriptional regulator  30.87 
 
 		 371 aa  55.8  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 273 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3822  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 282 aa  55.1  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 260 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  34.38 
 
 		 339 aa  55.5  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  33.05 
 
 		 337 aa  55.1  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 351 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 282 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15970  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 249 aa  54.3  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000193936 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 269 aa  54.7  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  36.84 
 
 		 294 aa  54.3  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 282 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01763  transcription regulator protein  32.9 
 
 		 274 aa  53.9  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.246898 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 279 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 257 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 368 aa  53.9  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 294 aa  53.9  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 292 aa  54.3  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 353 aa  53.5  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 296 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2811  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 303 aa  53.5  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 267 aa  53.1  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0997  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 358 aa  53.1  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1112  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 296 aa  53.1  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2863  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 348 aa  52.8  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0590  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 345 aa  52.8  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.988044  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 266 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2849  AraC family transcription regulator  36.73 
 
 		 348 aa  52.8  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1788  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 350 aa  52.8  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.432014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  40.4 
 
 		 316 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2428  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 345 aa  52.8  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2729  AraC family transcription regulator  36.73 
 
 		 345 aa  52.8  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4290  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 347 aa  53.1  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1738  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 345 aa  52.8  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.272253  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2167  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 261 aa  52.8  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2126  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 346 aa  52.8  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.330362  normal  0.517633 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1774  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 347 aa  52.8  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1060  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 321 aa  52.8  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 401 aa  52.8  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 284 aa  52.8  0.000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1156  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 346 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.131612 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0699  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 346 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1057  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 346 aa  52.8  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0171524  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1137  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 		 270 aa  52.8  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2788  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 345 aa  52.8  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1178  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 346 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2731  Helix-turn-helix, AraC domain protein  40.62 
 
 		 261 aa  52.8  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2924  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 349 aa  52.8  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817827  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 339 aa  52.4  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>