267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2575 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2575  hypothetical protein  100 
 
 		 247 aa  509  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 264 aa  105  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 278 aa  105  8e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 257 aa  98.2  9e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 257 aa  98.2  9e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3649  helix-turn-helix domain-containing protein  28.46 
 
 		 256 aa  94.7  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5321  helix-turn-helix domain-containing protein  29.88 
 
 		 260 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.833678 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5690  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 260 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.313286 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3684  helix-turn-helix domain-containing protein  29.24 
 
 		 287 aa  94  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.2904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4554  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 256 aa  94  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4867  helix-turn-helix domain-containing protein  33.19 
 
 		 273 aa  87.4  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0665  helix-turn-helix domain-containing protein  30.12 
 
 		 270 aa  83.2  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 269 aa  80.1  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0213  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2317  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 233 aa  78.2  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5231  helix-turn-helix domain-containing protein  47.22 
 
 		 267 aa  75.9  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2796  helix-turn-helix domain-containing protein  26.53 
 
 		 257 aa  75.5  0.0000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.586301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4435  transcriptional regulator, AraC family  46.84 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681561  normal  0.0120203 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  28.15 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4467  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 288 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2373  transcriptional regulator, AraC family  33.87 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0015649  normal  0.589788 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5753  AraC family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 287 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2303  AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 251 aa  68.9  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1998  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.5 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3297  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02039  putative DNA-binding protein  28.51 
 
 		 249 aa  64.7  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5394  transcriptional regulator, AraC family  46.84 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.551165 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15970  transcriptional regulator, AraC family  26.47 
 
 		 249 aa  63.9  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000193936 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 276 aa  62  0.000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3822  AraC family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4807  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 221 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3877  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55240  hypothetical protein  43.24 
 
 		 221 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000168814 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4941  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 276 aa  60.8  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0671  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 263 aa  59.7  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2709  helix-turn-helix domain-containing protein  28.33 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.263272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3884  transcriptional regulator, AraC family  27.07 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369279  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2432  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28452  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1743  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 285 aa  58.2  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295048  normal  0.345273 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3351  Helix-turn-helix, AraC domain protein  37.66 
 
 		 226 aa  58.2  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2731  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.54 
 
 		 261 aa  57  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4202  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 278 aa  53.5  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01763  transcription regulator protein  37.84 
 
 		 274 aa  52.8  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.246898 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3263  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 274 aa  52  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.534649  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.78 
 
 		 415 aa  51.6  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3204  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 273 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.19869  normal  0.466568 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 276 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 279 aa  50.4  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2201  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 275 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.507033 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 270 aa  50.1  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2795  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 275 aa  50.4  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2700  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 283 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2744  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 283 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128032  normal  0.769865 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4246  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 273 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2730  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 283 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.136465 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  35.62 
 
 		 284 aa  50.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5279  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 285 aa  49.7  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  34.83 
 
 		 276 aa  50.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 277 aa  49.7  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 285 aa  49.3  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 285 aa  49.3  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1093  AraC family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 331 aa  48.9  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6737  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 251 aa  48.5  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0432  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 397 aa  48.5  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 275 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 275 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  32.43 
 
 		 275 aa  48.1  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 277 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2462  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 267 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  26.47 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2370  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 284 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 333 aa  48.1  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 313 aa  48.5  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  30.86 
 
 		 278 aa  48.1  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  30.43 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  21.95 
 
 		 291 aa  48.1  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  41.1 
 
 		 322 aa  48.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  32.14 
 
 		 271 aa  48.1  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  32.47 
 
 		 275 aa  47.8  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3066  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 275 aa  47.4  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  37.84 
 
 		 1201 aa  47.4  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 188 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4276  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 287 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1249  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 270 aa  47  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0847  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 280 aa  47  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.664852 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 277 aa  47  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  30 
 
 		 278 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5827  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 356 aa  47  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 517 aa  46.2  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 281 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2035  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 243 aa  46.6  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 279 aa  46.2  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2167  AraC family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 261 aa  46.2  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 		 331 aa  46.2  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 281 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 273 aa  46.2  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0954  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 290 aa  46.2  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.809333  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 276 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1968  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 321 aa  46.2  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>