278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02039 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02039  putative DNA-binding protein  100 
 
 		 249 aa  514  1.0000000000000001e-145  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2709  helix-turn-helix domain-containing protein  31.3 
 
 		 234 aa  102  4e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.263272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5231  helix-turn-helix domain-containing protein  30.13 
 
 		 267 aa  87  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3297  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5690  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.313286 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3649  helix-turn-helix domain-containing protein  27.23 
 
 		 256 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5321  helix-turn-helix domain-containing protein  28.63 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.833678 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3684  helix-turn-helix domain-containing protein  29 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.2904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4554  AraC family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 257 aa  79.3  0.00000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 257 aa  79.3  0.00000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55240  hypothetical protein  28 
 
 		 221 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000168814 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4807  AraC family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 221 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2317  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 233 aa  72  0.000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2303  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0213  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 223 aa  68.6  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4867  helix-turn-helix domain-containing protein  29.87 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3351  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.34 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0665  helix-turn-helix domain-containing protein  30.3 
 
 		 270 aa  65.1  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2575  hypothetical protein  28.51 
 
 		 247 aa  64.7  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4435  transcriptional regulator, AraC family  26.03 
 
 		 262 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681561  normal  0.0120203 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  35.53 
 
 		 269 aa  59.3  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 280 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1385  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 272 aa  58.5  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.791872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5394  transcriptional regulator, AraC family  27.75 
 
 		 229 aa  58.2  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.551165 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 282 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4318  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103262  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0973  transcriptional regulator, AraC family  28.22 
 
 		 260 aa  57  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4467  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 288 aa  55.5  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2373  transcriptional regulator, AraC family  25.21 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0015649  normal  0.589788 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.62 
 
 		 310 aa  55.5  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.62 
 
 		 310 aa  55.5  0.0000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 278 aa  55.1  0.0000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 278 aa  55.1  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 282 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 271 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4183  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 282 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.806695 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 281 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 278 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2796  helix-turn-helix domain-containing protein  22.45 
 
 		 257 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.586301  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3022  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 269 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1732  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 281 aa  54.3  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2657  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 269 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2799  AraC family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 269 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.0991111 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3705  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 282 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.14 
 
 		 316 aa  53.9  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 260 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 277 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 532 aa  53.1  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1692  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 351 aa  52.8  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000028699  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 278 aa  52.8  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3152  sigma-54 factor, interaction region  31.18 
 
 		 440 aa  52.8  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.2 
 
 		 415 aa  52.8  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0866  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 251 aa  52.8  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.47 
 
 		 314 aa  52.8  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 275 aa  52.4  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3270  response regulator receiver protein  32.91 
 
 		 544 aa  52.4  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 430 aa  52  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 273 aa  52  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4086  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 281 aa  52  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4280  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 281 aa  52  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.682937 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0043  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 266 aa  52  0.000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0671  AraC family transcriptional regulator  22.51 
 
 		 263 aa  51.6  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4941  transcriptional regulator, AraC family  25.11 
 
 		 276 aa  51.6  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3237  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 281 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601996 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.18 
 
 		 325 aa  51.6  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 273 aa  51.2  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4394  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 266 aa  52  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.140673 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0576  AraC family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 284 aa  50.8  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3162  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 285 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0650  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 251 aa  50.8  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 278 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 278 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4202  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 247 aa  50.8  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 278 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 285 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0279  AraC family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 282 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.431722  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0886  AraC family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 316 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  40.28 
 
 		 284 aa  50.1  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2287  transcriptional regulator, AraC family  32.85 
 
 		 300 aa  50.1  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1460  AraC family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 282 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1657  AraC family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 284 aa  50.1  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.441347  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2585  AraC family transcription regulator  41.82 
 
 		 284 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429451  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2449  AraC family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 284 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0312  AraC family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 284 aa  50.1  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00105398  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  30.68 
 
 		 257 aa  50.1  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 274 aa  50.1  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  32.91 
 
 		 275 aa  49.7  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 279 aa  50.1  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 285 aa  49.7  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1743  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 285 aa  49.3  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295048  normal  0.345273 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2427  AraC family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 229 aa  49.3  0.00005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.25 
 
 		 310 aa  49.3  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.25 
 
 		 310 aa  49.3  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.25 
 
 		 310 aa  48.5  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>