More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4867 on replicon NC_008759
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008759  Pnap_4867  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 273 aa  555  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4467  AraC family transcriptional regulator  61.69 
 
 		 288 aa  309  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3649  helix-turn-helix domain-containing protein  37.84 
 
 		 256 aa  108  7.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3684  helix-turn-helix domain-containing protein  34.21 
 
 		 287 aa  108  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.2904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5321  helix-turn-helix domain-containing protein  37.78 
 
 		 260 aa  104  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.833678 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  30.54 
 
 		 264 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5690  AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 260 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.313286 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 257 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4435  transcriptional regulator, AraC family  31.98 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681561  normal  0.0120203 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 257 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4554  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 256 aa  99.8  4e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0665  helix-turn-helix domain-containing protein  35.09 
 
 		 270 aa  92.8  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2575  hypothetical protein  32.77 
 
 		 247 aa  87.8  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2796  helix-turn-helix domain-containing protein  33.18 
 
 		 257 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.586301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3822  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 282 aa  86.3  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3877  transcriptional regulator, AraC family  33.48 
 
 		 282 aa  84.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5231  helix-turn-helix domain-containing protein  30.39 
 
 		 267 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2317  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2373  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0015649  normal  0.589788 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  39.53 
 
 		 269 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2432  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 274 aa  75.5  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28452  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3297  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1743  AraC family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295048  normal  0.345273 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2303  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3263  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.534649  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4807  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 221 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0671  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 263 aa  72  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  30.93 
 
 		 261 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3884  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 268 aa  71.2  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369279  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5753  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 287 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55240  hypothetical protein  44.74 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000168814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2201  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 275 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.507033 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02039  putative DNA-binding protein  29.77 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0213  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 223 aa  69.3  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5394  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 229 aa  68.9  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.551165 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3204  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 273 aa  69.3  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.19869  normal  0.466568 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3351  Helix-turn-helix, AraC domain protein  36.63 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1998  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.47 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4941  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.21 
 
 		 415 aa  66.6  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2709  helix-turn-helix domain-containing protein  38.78 
 
 		 234 aa  61.6  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.263272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 338 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  31.71 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4276  AraC family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1923  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 270 aa  59.7  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 		 360 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0432  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 397 aa  58.9  0.00000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  33.02 
 
 		 387 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 355 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  33.01 
 
 		 356 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 357 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 312 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 357 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 360 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 357 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 360 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 462 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 350 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  27.68 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 284 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  33.7 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32.69 
 
 		 325 aa  55.8  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 361 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1385  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 272 aa  55.5  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.791872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 305 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 266 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 519 aa  55.1  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3066  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 275 aa  55.1  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 276 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 277 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 294 aa  55.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 314 aa  54.7  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  35.9 
 
 		 278 aa  55.1  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1868  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 270 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.598218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2110  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 270 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0650904 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 351 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 		 257 aa  54.3  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 281 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 281 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  31.13 
 
 		 396 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 278 aa  53.9  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.75 
 
 		 305 aa  53.9  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000211757 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 291 aa  54.3  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  28.11 
 
 		 268 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 410 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>