More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2432 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2432  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 274 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28452  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3263  AraC family transcriptional regulator  79.12 
 
 		 274 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.534649  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2201  AraC family transcriptional regulator  79.2 
 
 		 275 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.507033 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3204  AraC family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 273 aa  367  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.19869  normal  0.466568 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0671  AraC family transcriptional regulator  59.13 
 
 		 263 aa  296  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4941  transcriptional regulator, AraC family  49.24 
 
 		 276 aa  226  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4867  helix-turn-helix domain-containing protein  31.11 
 
 		 273 aa  75.5  0.0000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  27.43 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5321  helix-turn-helix domain-containing protein  28.68 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.833678 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5690  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.313286 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4467  AraC family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1743  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295048  normal  0.345273 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5231  helix-turn-helix domain-containing protein  24.79 
 
 		 267 aa  63.5  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3684  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.2904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0665  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 270 aa  62.8  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123814  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2731  Helix-turn-helix, AraC domain protein  36.13 
 
 		 261 aa  62.4  0.000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3649  helix-turn-helix domain-containing protein  29.69 
 
 		 256 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1375  AraC family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000191451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  24.57 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2575  hypothetical protein  26.29 
 
 		 247 aa  59.3  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3297  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5753  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 287 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4435  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681561  normal  0.0120203 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 278 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4554  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 256 aa  57  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2373  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 234 aa  57  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0015649  normal  0.589788 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 292 aa  57  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3884  transcriptional regulator, AraC family  22.58 
 
 		 268 aa  55.8  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369279  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 293 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 293 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 293 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  31.96 
 
 		 497 aa  55.1  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3718  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 305 aa  54.3  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5394  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 229 aa  54.7  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.551165 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  24.23 
 
 		 299 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2474  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 310 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.446232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0526  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 300 aa  54.3  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 333 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 		 269 aa  53.9  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 430 aa  53.5  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 279 aa  53.1  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 257 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 257 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01153  transcriptional regulator  24.9 
 
 		 283 aa  52.4  0.000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.593212  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3097  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 270 aa  52  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.413253 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2598  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 320 aa  52  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4214  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 305 aa  51.2  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340551  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1235  transcriptional regulator, AraC family  23.15 
 
 		 282 aa  50.8  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 311 aa  51.2  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 293 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7370  transcriptional regulator  28.83 
 
 		 251 aa  50.8  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.660604  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0213  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 223 aa  50.8  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 293 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2303  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 251 aa  50.4  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0723  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 331 aa  50.4  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.065718 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 270 aa  50.4  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 248 aa  50.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  25 
 
 		 537 aa  50.4  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 299 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 519 aa  50.1  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  24.47 
 
 		 299 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2317  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 233 aa  50.1  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.47 
 
 		 318 aa  49.7  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  24.47 
 
 		 318 aa  49.7  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 318 aa  49.7  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  24.47 
 
 		 318 aa  49.7  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 299 aa  49.7  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.19 
 
 		 294 aa  49.7  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 318 aa  49.7  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  24.47 
 
 		 318 aa  49.7  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 287 aa  49.7  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 375 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3295  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 285 aa  49.3  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 143 aa  49.3  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 143 aa  49.3  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 281 aa  49.3  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2766  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 265 aa  48.9  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  30.69 
 
 		 303 aa  48.9  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  30.69 
 
 		 303 aa  48.9  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  30.69 
 
 		 303 aa  48.9  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  27.69 
 
 		 292 aa  48.9  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  31 
 
 		 261 aa  48.9  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  30.69 
 
 		 303 aa  48.9  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  30.69 
 
 		 303 aa  48.9  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3062  transcription regulator protein  23.28 
 
 		 268 aa  48.5  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.153433 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 287 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 287 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 287 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 287 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 288 aa  48.5  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 304 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 263 aa  48.1  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.13 
 
 		 325 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32.04 
 
 		 242 aa  48.9  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 287 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 291 aa  48.1  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>