140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1756 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2149  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.79 
 
 
1270 aa  653    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  35.53 
 
 
1163 aa  684    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  35.11 
 
 
1127 aa  652    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2351  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.13 
 
 
1375 aa  681    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  100 
 
 
1166 aa  2404    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1775  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.64 
 
 
1236 aa  666    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1853  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.43 
 
 
1234 aa  656    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.69 
 
 
1270 aa  676    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  36.43 
 
 
1132 aa  644    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2245  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.76 
 
 
1234 aa  662    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.965648 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37 
 
 
1163 aa  656    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.3 
 
 
1149 aa  662    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  36.35 
 
 
1132 aa  639    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4564  hypothetical protein  36.58 
 
 
1260 aa  693    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2278  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.58 
 
 
1260 aa  693    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37.25 
 
 
1192 aa  672    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  36.3 
 
 
1124 aa  650    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.9 
 
 
1226 aa  692    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  36.48 
 
 
1148 aa  676    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.71 
 
 
1131 aa  639    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2048  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.28 
 
 
1270 aa  688    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  34.97 
 
 
1164 aa  676    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1937  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37.78 
 
 
1187 aa  714    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  37.1 
 
 
1123 aa  637    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2419  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.97 
 
 
1269 aa  716    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2095  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.04 
 
 
1270 aa  684    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2641  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37.32 
 
 
1190 aa  704    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2290  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.45 
 
 
1274 aa  689    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  35.71 
 
 
1122 aa  632  1e-179  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.54 
 
 
1122 aa  630  1e-179  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  35.71 
 
 
1122 aa  632  1e-179  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  35.71 
 
 
1122 aa  630  1e-179  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  35.54 
 
 
1122 aa  630  1e-179  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  35.54 
 
 
1122 aa  630  1e-179  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  35.46 
 
 
1122 aa  627  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  35.54 
 
 
1122 aa  626  1e-178  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  35.43 
 
 
1122 aa  622  1e-177  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  35.51 
 
 
1123 aa  620  1e-176  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  35.42 
 
 
1123 aa  619  1e-176  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  35.43 
 
 
1123 aa  617  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  35.42 
 
 
1123 aa  619  1e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  35.01 
 
 
1123 aa  615  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  34.92 
 
 
1123 aa  613  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  34.92 
 
 
1123 aa  614  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  35.01 
 
 
1123 aa  615  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  34.98 
 
 
1128 aa  602  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.96 
 
 
1091 aa  557  1e-157  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  32.52 
 
 
1171 aa  527  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.36 
 
 
1173 aa  527  1e-148  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.76 
 
 
1144 aa  520  1e-146  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.04 
 
 
1184 aa  516  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.02 
 
 
1150 aa  514  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.43 
 
 
1158 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  32.49 
 
 
1157 aa  504  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.15 
 
 
1197 aa  504  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.88 
 
 
1160 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.91 
 
 
1061 aa  500  1e-140  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.88 
 
 
1160 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  32.04 
 
 
1156 aa  500  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  30.39 
 
 
1127 aa  499  1e-139  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.33 
 
 
1068 aa  497  1e-139  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.53 
 
 
1158 aa  498  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.69 
 
 
1158 aa  498  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.04 
 
 
1077 aa  495  9.999999999999999e-139  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.09 
 
 
1085 aa  496  9.999999999999999e-139  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.31 
 
 
1074 aa  489  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  30.06 
 
 
1060 aa  492  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.67 
 
 
1071 aa  491  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.39 
 
 
1164 aa  490  1e-137  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.24 
 
 
1077 aa  493  1e-137  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.5 
 
 
1159 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  30.72 
 
 
1075 aa  471  1.0000000000000001e-131  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.65 
 
 
1054 aa  469  9.999999999999999e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.9 
 
 
1098 aa  465  1e-129  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2024  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.13 
 
 
1162 aa  462  9.999999999999999e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.93867  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0520  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.44 
 
 
1174 aa  458  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.318804  normal  0.0360548 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51720  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.63 
 
 
1168 aa  453  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1168  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.89 
 
 
1210 aa  444  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.96 
 
 
1198 aa  437  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01027  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.11 
 
 
1206 aa  437  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.12 
 
 
1183 aa  438  1e-121  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4569  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.19 
 
 
1169 aa  427  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.32 
 
 
1064 aa  414  1e-114  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1849  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.75 
 
 
1218 aa  412  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.013439  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2546  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.46 
 
 
1130 aa  384  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2931  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.46 
 
 
1130 aa  384  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.01 
 
 
1294 aa  382  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000148654 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2170  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.87 
 
 
1063 aa  348  4e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.411228  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.57 
 
 
1124 aa  341  5e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0690  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.39 
 
 
1138 aa  338  2.9999999999999997e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3372  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.37 
 
 
1143 aa  332  2e-89  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.369157  normal  0.661883 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4322  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  27.09 
 
 
1112 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1749  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.54 
 
 
1121 aa  321  5e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246728  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2839  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  26.85 
 
 
1133 aa  320  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.601793  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05437  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.43 
 
 
1137 aa  318  3e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.487403  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4015  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.32 
 
 
1114 aa  317  7e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.186712  normal  0.268037 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2852  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.81 
 
 
1149 aa  314  7.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.481141  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0907  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.86 
 
 
1080 aa  314  7.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00623789 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0901  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.72 
 
 
1082 aa  313  1e-83  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0918  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.72 
 
 
1082 aa  313  1e-83  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200509  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>