140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4674 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  40.65 
 
 
1122 aa  668    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  40.65 
 
 
1122 aa  668    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  100 
 
 
1160 aa  2333    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  72.83 
 
 
1158 aa  1691    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  72.46 
 
 
1157 aa  1671    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  39.09 
 
 
1123 aa  646    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  39.17 
 
 
1123 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  74.4 
 
 
1150 aa  1724    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  37.21 
 
 
1127 aa  645    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2546  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  43.26 
 
 
1130 aa  735    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1168  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.31 
 
 
1210 aa  674    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  39.26 
 
 
1123 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.52 
 
 
1183 aa  813    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2931  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  43.26 
 
 
1130 aa  735    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  54.38 
 
 
1184 aa  1133    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  64.07 
 
 
1171 aa  1381    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  40.95 
 
 
1132 aa  657    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2024  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  54.94 
 
 
1162 aa  1125    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.93867  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37.25 
 
 
1149 aa  667    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  39.57 
 
 
1128 aa  640    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  46.17 
 
 
1197 aa  957    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  53.77 
 
 
1164 aa  1125    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  55.38 
 
 
1173 aa  1154    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51720  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  62.25 
 
 
1168 aa  1285    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  40.65 
 
 
1122 aa  668    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  38.31 
 
 
1124 aa  647    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  61.25 
 
 
1158 aa  1347    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  99.05 
 
 
1160 aa  2315    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  39.17 
 
 
1123 aa  645    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1849  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  44.15 
 
 
1218 aa  810    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.013439  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  63.67 
 
 
1156 aa  1326    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  40.14 
 
 
1122 aa  668    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  38.1 
 
 
1123 aa  640    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  40.65 
 
 
1122 aa  669    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  40.65 
 
 
1122 aa  668    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  39.25 
 
 
1123 aa  642    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  39.17 
 
 
1123 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0520  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  44.56 
 
 
1174 aa  818    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.318804  normal  0.0360548 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4569  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  45 
 
 
1169 aa  879    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  38.19 
 
 
1123 aa  645    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  95.77 
 
 
1159 aa  2178    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  38.19 
 
 
1123 aa  644    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  40.65 
 
 
1122 aa  668    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  40.65 
 
 
1122 aa  669    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  89.05 
 
 
1158 aa  2070    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.81 
 
 
1294 aa  758    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000148654 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  40.07 
 
 
1132 aa  654    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  40.39 
 
 
1122 aa  659    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  37.47 
 
 
1148 aa  634  1e-180  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  37.57 
 
 
1164 aa  633  1e-180  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.4 
 
 
1131 aa  623  1e-177  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  37.34 
 
 
1163 aa  622  1e-176  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.41 
 
 
1091 aa  566  1.0000000000000001e-159  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  38.02 
 
 
1054 aa  549  1e-154  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.75 
 
 
1163 aa  544  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4564  hypothetical protein  33.78 
 
 
1260 aa  539  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2278  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.78 
 
 
1260 aa  539  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  34.42 
 
 
1060 aa  531  1e-149  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.42 
 
 
1071 aa  530  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2290  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.94 
 
 
1274 aa  532  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.73 
 
 
1068 aa  530  1e-149  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.44 
 
 
1226 aa  531  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2048  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.79 
 
 
1270 aa  527  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2095  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.86 
 
 
1270 aa  526  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.42 
 
 
1074 aa  521  1e-146  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1775  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.91 
 
 
1236 aa  515  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.88 
 
 
1098 aa  510  1e-143  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1853  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.12 
 
 
1234 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2245  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.6 
 
 
1234 aa  513  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.965648 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.21 
 
 
1061 aa  511  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2419  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.39 
 
 
1269 aa  513  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1937  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.47 
 
 
1187 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2149  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.84 
 
 
1270 aa  504  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.52 
 
 
1166 aa  503  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2641  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.11 
 
 
1190 aa  505  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.62 
 
 
1192 aa  503  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.33 
 
 
1144 aa  499  1e-139  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.12 
 
 
1077 aa  493  1e-137  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.91 
 
 
1077 aa  492  1e-137  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  32.83 
 
 
1127 aa  484  1e-135  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  34.11 
 
 
1075 aa  480  1e-134  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2351  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.96 
 
 
1375 aa  477  1e-133  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.71 
 
 
1270 aa  478  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.71 
 
 
1085 aa  478  1e-133  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.86 
 
 
1198 aa  452  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.82 
 
 
1064 aa  438  1e-121  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01027  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.39 
 
 
1206 aa  390  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2170  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.1 
 
 
1063 aa  348  3e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.411228  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1749  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.56 
 
 
1121 aa  348  4e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246728  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4015  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.32 
 
 
1114 aa  345  2e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.186712  normal  0.268037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.84 
 
 
1124 aa  345  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4322  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  32.62 
 
 
1112 aa  341  5.9999999999999996e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0690  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.6 
 
 
1138 aa  340  9.999999999999999e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1815  exodeoxyribonuclease V gamma chain  31.19 
 
 
1121 aa  337  9e-91  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2839  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  29.19 
 
 
1133 aa  332  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.601793  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05437  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.71 
 
 
1137 aa  332  3e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.487403  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3372  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.05 
 
 
1143 aa  331  6e-89  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.369157  normal  0.661883 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769.1  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.69 
 
 
1114 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.368918  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0681  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.69 
 
 
1114 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0471  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.69 
 
 
1114 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0516412  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>