140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1434 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  49.43 
 
 
1054 aa  978    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  100 
 
 
1068 aa  2162    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  51.58 
 
 
1075 aa  1043    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  63.42 
 
 
1127 aa  1337    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  50.42 
 
 
1060 aa  1014    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  45.84 
 
 
1071 aa  890    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  53.94 
 
 
1061 aa  1100    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  55.07 
 
 
1077 aa  1124    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  55.17 
 
 
1077 aa  1123    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  47.62 
 
 
1091 aa  954    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37.94 
 
 
1085 aa  657    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  46.15 
 
 
1074 aa  899    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  34.37 
 
 
1124 aa  617  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  34.59 
 
 
1164 aa  619  1e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  35.94 
 
 
1122 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  34.53 
 
 
1163 aa  606  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  35.94 
 
 
1122 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.85 
 
 
1122 aa  605  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  35.75 
 
 
1122 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  35.85 
 
 
1122 aa  605  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  35.85 
 
 
1122 aa  605  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  35.75 
 
 
1122 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  35.63 
 
 
1123 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  35.73 
 
 
1123 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  35.73 
 
 
1123 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  35.75 
 
 
1122 aa  598  1e-169  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  35.63 
 
 
1123 aa  598  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  35.63 
 
 
1123 aa  598  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  34.7 
 
 
1123 aa  598  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  35.66 
 
 
1122 aa  598  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.4 
 
 
1192 aa  593  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  35.06 
 
 
1148 aa  595  1e-168  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.22 
 
 
1149 aa  592  1e-167  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1937  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.53 
 
 
1187 aa  590  1e-167  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  35.22 
 
 
1127 aa  587  1e-166  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  34.46 
 
 
1123 aa  573  1.0000000000000001e-162  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  34.46 
 
 
1123 aa  574  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  34.38 
 
 
1123 aa  571  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  34.4 
 
 
1132 aa  569  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  34.49 
 
 
1132 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.41 
 
 
1226 aa  561  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2641  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.05 
 
 
1190 aa  559  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  33.93 
 
 
1128 aa  554  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4564  hypothetical protein  32.84 
 
 
1260 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2278  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.84 
 
 
1260 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2290  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.47 
 
 
1274 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.1 
 
 
1163 aa  546  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1853  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.03 
 
 
1234 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.39 
 
 
1131 aa  540  9.999999999999999e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.88 
 
 
1064 aa  538  1e-151  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2245  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.89 
 
 
1234 aa  538  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.965648 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2048  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.25 
 
 
1270 aa  538  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2095  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.11 
 
 
1270 aa  539  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1775  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.84 
 
 
1236 aa  533  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2419  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.11 
 
 
1269 aa  529  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2149  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.2 
 
 
1270 aa  524  1e-147  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.09 
 
 
1270 aa  525  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2351  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.05 
 
 
1375 aa  520  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.96 
 
 
1160 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.01 
 
 
1158 aa  510  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.17 
 
 
1160 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  33.22 
 
 
1157 aa  504  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0690  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.86 
 
 
1138 aa  497  1e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.33 
 
 
1166 aa  497  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.66 
 
 
1158 aa  496  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.56 
 
 
1159 aa  499  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.55 
 
 
1158 aa  498  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.52 
 
 
1098 aa  493  9.999999999999999e-139  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  33.16 
 
 
1171 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.94 
 
 
1144 aa  488  1e-136  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.81 
 
 
1150 aa  481  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  33.07 
 
 
1156 aa  478  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.08 
 
 
1184 aa  476  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51720  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.83 
 
 
1168 aa  471  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.14 
 
 
1173 aa  467  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.28 
 
 
1198 aa  460  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.98 
 
 
1197 aa  459  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.71 
 
 
1164 aa  456  1e-127  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2024  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.07 
 
 
1162 aa  442  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.93867  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0251  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.47 
 
 
1113 aa  439  1e-121  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.66 
 
 
1183 aa  436  1e-120  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4322  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  31.3 
 
 
1112 aa  432  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3372  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.59 
 
 
1143 aa  428  1e-118  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.369157  normal  0.661883 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1168  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.7 
 
 
1210 aa  429  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.59 
 
 
1083 aa  428  1e-118  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0179444  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0907  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.28 
 
 
1080 aa  425  1e-117  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00623789 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769.1  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.17 
 
 
1114 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.368918  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0681  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.17 
 
 
1114 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1385  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.17 
 
 
1114 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1389  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.17 
 
 
1197 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.454262  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0471  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.17 
 
 
1114 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0516412  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0520  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.56 
 
 
1174 aa  421  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.318804  normal  0.0360548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0901  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.69 
 
 
1082 aa  418  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.9 
 
 
1124 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0918  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.69 
 
 
1082 aa  418  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200509  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1188  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.17 
 
 
1354 aa  419  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.572849  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1210  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.28 
 
 
1084 aa  416  1e-114  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.809916  normal  0.696176 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0734  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.13 
 
 
1112 aa  412  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1214  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.13 
 
 
1112 aa  412  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1187  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.11 
 
 
1112 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.720814  normal  0.579184 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>