140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0251 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_3908  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  52.39 
 
 		 1141 aa  929    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00208129  normal  0.199175 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2428  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  47.25 
 
 		 1128 aa  728    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.550911  hitchhiker  0.0018506 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2296  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  44.54 
 
 		 1103 aa  724    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.566051  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0901  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  52.46 
 
 		 1082 aa  976    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0251  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  100 
 
 		 1113 aa  2157    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0918  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  52.46 
 
 		 1082 aa  976    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1210  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  52.68 
 
 		 1084 aa  993    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.809916  normal  0.696176 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3372  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  45.45 
 
 		 1143 aa  753    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.369157  normal  0.661883 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0907  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  52.59 
 
 		 1080 aa  976    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00623789 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2747  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.85 
 
 		 1151 aa  679    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  53.67 
 
 		 1083 aa  1003    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0179444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10642  exonuclease V gamma subunit recC  52.96 
 
 		 1097 aa  960    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.167031  normal  0.143221 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0992  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  43.45 
 
 		 1158 aa  672    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.218847  normal  0.146183 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.44 
 
 		 1091 aa  462  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.1 
 
 		 1068 aa  446  1e-123  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  29.77 
 
 		 1127 aa  431  1e-119  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.5 
 
 		 1061 aa  432  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.72 
 
 		 1054 aa  427  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.03 
 
 		 1077 aa  418  9.999999999999999e-116  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.09 
 
 		 1074 aa  419  9.999999999999999e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.45 
 
 		 1071 aa  418  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  31.46 
 
 		 1075 aa  416  1e-114  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.8 
 
 		 1077 aa  410  1e-113  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  29.34 
 
 		 1123 aa  384  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  29.37 
 
 		 1060 aa  383  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  27.57 
 
 		 1123 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  27.51 
 
 		 1123 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  27.57 
 
 		 1123 aa  376  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  28.84 
 
 		 1132 aa  374  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  27.71 
 
 		 1123 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  28.27 
 
 		 1123 aa  373  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  29.15 
 
 		 1132 aa  376  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  27.6 
 
 		 1123 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.52 
 
 		 1131 aa  373  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  28.18 
 
 		 1123 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  28.18 
 
 		 1123 aa  372  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  28.18 
 
 		 1122 aa  368  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  28.18 
 
 		 1122 aa  367  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.95 
 
 		 1085 aa  366  1e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  28.09 
 
 		 1122 aa  365  2e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.18 
 
 		 1122 aa  365  2e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  28.09 
 
 		 1122 aa  365  2e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  28.18 
 
 		 1122 aa  365  2e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  28.18 
 
 		 1122 aa  365  2e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  27.92 
 
 		 1122 aa  364  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  27.83 
 
 		 1122 aa  362  3e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  26.7 
 
 		 1124 aa  362  3e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  27.99 
 
 		 1148 aa  357  7.999999999999999e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.55 
 
 		 1149 aa  354  4e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  27.74 
 
 		 1128 aa  352  2e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  27.1 
 
 		 1164 aa  352  3e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.1 
 
 		 1064 aa  345  4e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  26.74 
 
 		 1163 aa  332  2e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.47 
 
 		 1173 aa  326  1e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  25.87 
 
 		 1127 aa  325  2e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.17 
 
 		 1098 aa  321  6e-86  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.74 
 
 		 1197 aa  314  4.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.52 
 
 		 1166 aa  314  6.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.41 
 
 		 1158 aa  312  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.87 
 
 		 1158 aa  310  6.999999999999999e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.57 
 
 		 1144 aa  309  2.0000000000000002e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.7 
 
 		 1160 aa  303  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2024  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.71 
 
 		 1162 aa  301  4e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.93867  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.75 
 
 		 1163 aa  301  5e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.62 
 
 		 1159 aa  299  2e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.6 
 
 		 1184 aa  298  3e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.27 
 
 		 1192 aa  298  3e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.79 
 
 		 1150 aa  298  4e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.29 
 
 		 1158 aa  297  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.35 
 
 		 1160 aa  296  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.33 
 
 		 1183 aa  295  2e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  29.82 
 
 		 1171 aa  294  7e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  28.99 
 
 		 1157 aa  293  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4564  hypothetical protein  25.12 
 
 		 1260 aa  290  8e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2278  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.12 
 
 		 1260 aa  290  8e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.08 
 
 		 1226 aa  289  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.27 
 
 		 1164 aa  288  2.9999999999999996e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.48 
 
 		 1198 aa  286  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1775  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.86 
 
 		 1236 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2245  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.56 
 
 		 1234 aa  285  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.965648 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2641  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.46 
 
 		 1190 aa  281  4e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1937  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.77 
 
 		 1187 aa  281  7e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2290  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.9 
 
 		 1274 aa  280  1e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1853  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.67 
 
 		 1234 aa  279  2e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2095  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.9 
 
 		 1270 aa  278  6e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10811  exodeoxyribonuclease V subunit C 125 kD polypeptide  24.63 
 
 		 1105 aa  277  8e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.240018 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.44 
 
 		 1270 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2048  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.78 
 
 		 1270 aa  275  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  29.24 
 
 		 1156 aa  274  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2170  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.58 
 
 		 1063 aa  273  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.411228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0520  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.53 
 
 		 1174 aa  270  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.318804  normal  0.0360548 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2419  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.45 
 
 		 1269 aa  269  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.98 
 
 		 1124 aa  266  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09591  exodeoxyribonuclease V gamma chain  28.61 
 
 		 1103 aa  264  8e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.507283 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01027  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.53 
 
 		 1206 aa  263  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2149  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.33 
 
 		 1270 aa  262  3e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4569  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.01 
 
 		 1169 aa  261  5.0000000000000005e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1411  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  27.81 
 
 		 1077 aa  258  4e-67  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.577344  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2351  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25 
 
 		 1375 aa  258  6e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1749  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.49 
 
 		 1121 aa  257  9e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246728  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>