149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA0690 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.05 
 
 
1124 aa  717    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0690  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  100 
 
 
1138 aa  2270    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769.1  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.96 
 
 
1114 aa  661    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.368918  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4322  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  40.84 
 
 
1112 aa  693    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2852  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.93 
 
 
1149 aa  655    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.481141  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2839  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  40.37 
 
 
1133 aa  692    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.601793  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0734  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.13 
 
 
1112 aa  676    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1097  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.16 
 
 
1112 aa  666    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.145118  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1214  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.13 
 
 
1112 aa  676    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1188  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.53 
 
 
1354 aa  658    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.572849  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0681  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.96 
 
 
1114 aa  661    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1385  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.87 
 
 
1114 aa  661    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1389  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.09 
 
 
1197 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.454262  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0471  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.96 
 
 
1114 aa  661    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0516412  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1749  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.5 
 
 
1121 aa  704    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246728  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2089  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.2 
 
 
1112 aa  657    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1097  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.16 
 
 
1112 aa  667    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0967574  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1187  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.04 
 
 
1112 aa  672    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.720814  normal  0.579184 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.01 
 
 
1091 aa  554  1e-156  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.91 
 
 
1068 aa  535  1e-150  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.23 
 
 
1071 aa  519  1.0000000000000001e-145  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.33 
 
 
1074 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.19 
 
 
1054 aa  513  1e-144  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.62 
 
 
1061 aa  513  1e-144  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  34.1 
 
 
1060 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.14 
 
 
1085 aa  491  1e-137  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.48 
 
 
1077 aa  474  1e-132  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  31.61 
 
 
1127 aa  472  1.0000000000000001e-131  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.19 
 
 
1077 aa  455  1.0000000000000001e-126  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  32.42 
 
 
1075 aa  436  1e-120  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.19 
 
 
1149 aa  427  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  29.57 
 
 
1122 aa  425  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.57 
 
 
1122 aa  426  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  29.88 
 
 
1132 aa  426  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  29.57 
 
 
1122 aa  425  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  29.57 
 
 
1122 aa  426  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  29.57 
 
 
1122 aa  426  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  29.77 
 
 
1122 aa  424  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  29.86 
 
 
1128 aa  422  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  28.74 
 
 
1124 aa  421  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  30.21 
 
 
1148 aa  423  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  29.72 
 
 
1132 aa  423  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  29.49 
 
 
1122 aa  421  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  29.49 
 
 
1122 aa  423  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  29.4 
 
 
1122 aa  419  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.26 
 
 
1226 aa  415  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.47 
 
 
1131 aa  416  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  29.21 
 
 
1164 aa  415  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2048  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.59 
 
 
1270 aa  413  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  28.01 
 
 
1127 aa  409  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4564  hypothetical protein  28.42 
 
 
1260 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2278  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.42 
 
 
1260 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2290  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.54 
 
 
1274 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  30.2 
 
 
1123 aa  408  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2095  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.74 
 
 
1270 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2641  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.77 
 
 
1190 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1937  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.67 
 
 
1187 aa  405  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  29.73 
 
 
1123 aa  404  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  29.8 
 
 
1123 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  29.64 
 
 
1123 aa  402  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  28.62 
 
 
1163 aa  398  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  29.05 
 
 
1123 aa  395  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  29.05 
 
 
1123 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  29.05 
 
 
1123 aa  395  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  29.05 
 
 
1123 aa  395  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  29.13 
 
 
1123 aa  396  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.35 
 
 
1163 aa  387  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1775  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.84 
 
 
1236 aa  381  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1853  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.88 
 
 
1234 aa  378  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.1 
 
 
1064 aa  378  1e-103  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.03 
 
 
1192 aa  379  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2351  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.72 
 
 
1375 aa  376  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2419  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.21 
 
 
1269 aa  376  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.03 
 
 
1184 aa  373  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  31.05 
 
 
1171 aa  372  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.82 
 
 
1270 aa  369  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2245  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.72 
 
 
1234 aa  370  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.965648 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.47 
 
 
1166 aa  365  3e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1849  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.58 
 
 
1218 aa  365  3e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.013439  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.49 
 
 
1150 aa  364  6e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.54 
 
 
1158 aa  362  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.13 
 
 
1098 aa  362  3e-98  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.52 
 
 
1160 aa  359  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.33 
 
 
1160 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.38 
 
 
1159 aa  359  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.58 
 
 
1164 aa  358  2.9999999999999997e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2149  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.46 
 
 
1270 aa  357  5.999999999999999e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4569  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.6 
 
 
1169 aa  346  1e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.94 
 
 
1173 aa  346  2e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.76 
 
 
1158 aa  343  8e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  33.98 
 
 
1156 aa  342  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.13 
 
 
1183 aa  339  1.9999999999999998e-91  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.32 
 
 
1197 aa  337  5.999999999999999e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01027  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.01 
 
 
1206 aa  335  3e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  28.71 
 
 
1157 aa  334  6e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0520  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.16 
 
 
1174 aa  327  8.000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.318804  normal  0.0360548 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.41 
 
 
1158 aa  327  1e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.41 
 
 
1198 aa  324  5e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51720  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.52 
 
 
1168 aa  320  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.35 
 
 
1144 aa  316  9.999999999999999e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>