141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1097 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0690  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.16 
 
 		 1138 aa  696    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769.1  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  78.83 
 
 		 1114 aa  1594    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.368918  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4322  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  93.17 
 
 		 1112 aa  1994    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2852  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  77.94 
 
 		 1149 aa  1575    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.481141  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2839  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  68.32 
 
 		 1133 aa  1471    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.601793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0734  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  94.06 
 
 		 1112 aa  1965    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1097  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  100 
 
 		 1112 aa  2166    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.145118  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1214  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  94.06 
 
 		 1112 aa  1965    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  68.94 
 
 		 1124 aa  1488    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1188  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  78.67 
 
 		 1354 aa  1597    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.572849  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0681  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  78.83 
 
 		 1114 aa  1594    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1385  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  78.92 
 
 		 1114 aa  1596    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1389  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  78.92 
 
 		 1197 aa  1593    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.454262  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0471  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  78.83 
 
 		 1114 aa  1594    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0516412  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2089  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  91.1 
 
 		 1112 aa  1872    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1187  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  93.88 
 
 		 1112 aa  1957    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.720814  normal  0.579184 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1097  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  99.1 
 
 		 1112 aa  2149    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0967574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1749  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  69.03 
 
 		 1121 aa  1459    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246728  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.58 
 
 		 1054 aa  484  1e-135  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.4 
 
 		 1091 aa  479  1e-134  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  32.71 
 
 		 1060 aa  449  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.17 
 
 		 1068 aa  437  1e-121  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.32 
 
 		 1077 aa  436  1e-120  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  30.86 
 
 		 1123 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  30.86 
 
 		 1123 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  30.86 
 
 		 1123 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  30.95 
 
 		 1123 aa  432  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  30.95 
 
 		 1123 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  30.98 
 
 		 1122 aa  430  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.89 
 
 		 1122 aa  427  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.78 
 
 		 1074 aa  427  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  30.98 
 
 		 1122 aa  430  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  30.89 
 
 		 1122 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  30.89 
 
 		 1122 aa  427  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  30.8 
 
 		 1122 aa  425  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  30.8 
 
 		 1122 aa  426  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.87 
 
 		 1071 aa  422  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  30.35 
 
 		 1122 aa  421  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  31.02 
 
 		 1075 aa  419  9.999999999999999e-116  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.8 
 
 		 1077 aa  417  9.999999999999999e-116  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  30.29 
 
 		 1148 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  30.05 
 
 		 1123 aa  419  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.35 
 
 		 1085 aa  419  9.999999999999999e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  30.62 
 
 		 1122 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  29.46 
 
 		 1124 aa  415  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.55 
 
 		 1061 aa  412  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  30.16 
 
 		 1132 aa  410  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  29.92 
 
 		 1123 aa  412  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  29.84 
 
 		 1123 aa  411  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  29.92 
 
 		 1123 aa  412  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  29.87 
 
 		 1164 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  30.11 
 
 		 1132 aa  404  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.47 
 
 		 1149 aa  404  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.64 
 
 		 1131 aa  395  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  28.86 
 
 		 1163 aa  390  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  29.48 
 
 		 1128 aa  390  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  29.37 
 
 		 1127 aa  384  1e-105  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.33 
 
 		 1164 aa  383  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  27.29 
 
 		 1127 aa  378  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.23 
 
 		 1064 aa  367  1e-100  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.99 
 
 		 1226 aa  365  3e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2641  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28 
 
 		 1190 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.3 
 
 		 1197 aa  356  2e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.01 
 
 		 1158 aa  354  5e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4564  hypothetical protein  28.67 
 
 		 1260 aa  353  7e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2278  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.67 
 
 		 1260 aa  353  7e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2048  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.68 
 
 		 1270 aa  352  2e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1937  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.87 
 
 		 1187 aa  352  2e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.83 
 
 		 1144 aa  350  6e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.26 
 
 		 1173 aa  348  5e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2149  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.5 
 
 		 1270 aa  347  6e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.86 
 
 		 1159 aa  347  7e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.02 
 
 		 1160 aa  347  8e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2095  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.3 
 
 		 1270 aa  347  8.999999999999999e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.86 
 
 		 1160 aa  346  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1775  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.78 
 
 		 1236 aa  344  5e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2290  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.54 
 
 		 1274 aa  343  7e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.1 
 
 		 1163 aa  343  1e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.71 
 
 		 1098 aa  342  2e-92  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.08 
 
 		 1184 aa  342  2e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.9 
 
 		 1158 aa  342  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2245  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.93 
 
 		 1234 aa  341  5e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.965648 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.39 
 
 		 1183 aa  340  8e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.42 
 
 		 1166 aa  339  1.9999999999999998e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  33.04 
 
 		 1171 aa  338  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1853  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.77 
 
 		 1234 aa  338  3.9999999999999995e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51720  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.81 
 
 		 1168 aa  337  1e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2024  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.51 
 
 		 1162 aa  336  2e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.93867  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2419  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.72 
 
 		 1269 aa  335  3e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.68 
 
 		 1270 aa  332  2e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.3 
 
 		 1158 aa  331  6e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  31.11 
 
 		 1157 aa  328  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.42 
 
 		 1150 aa  323  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.64 
 
 		 1198 aa  320  1e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  32.02 
 
 		 1156 aa  319  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.32 
 
 		 1192 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0520  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.77 
 
 		 1174 aa  315  3.9999999999999997e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.318804  normal  0.0360548 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4569  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.55 
 
 		 1169 aa  302  3e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2546  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.08 
 
 		 1130 aa  296  2e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2931  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.08 
 
 		 1130 aa  296  2e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>