137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0680 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  44.03 
 
 
1122 aa  895    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  43.94 
 
 
1122 aa  894    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  38.09 
 
 
1160 aa  670    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2149  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.65 
 
 
1270 aa  639    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.58 
 
 
1158 aa  642    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  36.78 
 
 
1157 aa  645    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  43.5 
 
 
1123 aa  881    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  43.5 
 
 
1123 aa  880    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  43.85 
 
 
1122 aa  892    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  56.84 
 
 
1163 aa  1238    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2351  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.56 
 
 
1375 aa  670    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  43.5 
 
 
1123 aa  879    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.81 
 
 
1098 aa  652    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.11 
 
 
1166 aa  685    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1775  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.37 
 
 
1236 aa  658    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1853  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.51 
 
 
1234 aa  660    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.33 
 
 
1270 aa  663    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2245  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.15 
 
 
1234 aa  649    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.965648 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  44.03 
 
 
1122 aa  895    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.92 
 
 
1163 aa  662    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.39 
 
 
1149 aa  847    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  44.06 
 
 
1132 aa  898    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  43.5 
 
 
1123 aa  881    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4564  hypothetical protein  36 
 
 
1260 aa  691    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2278  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36 
 
 
1260 aa  691    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  42.77 
 
 
1128 aa  860    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.68 
 
 
1192 aa  678    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2290  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.42 
 
 
1274 aa  682    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  41.82 
 
 
1124 aa  854    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37 
 
 
1226 aa  685    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.64 
 
 
1158 aa  662    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  52.34 
 
 
1148 aa  1173    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37.82 
 
 
1160 aa  659    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  43.5 
 
 
1123 aa  881    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  40.92 
 
 
1131 aa  811    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  100 
 
 
1127 aa  2333    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2048  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.07 
 
 
1270 aa  679    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  44.49 
 
 
1123 aa  915    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  57.01 
 
 
1164 aa  1251    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  43.85 
 
 
1122 aa  891    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  43.94 
 
 
1122 aa  894    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1937  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37.39 
 
 
1187 aa  721    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  44.55 
 
 
1123 aa  927    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2419  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.24 
 
 
1269 aa  684    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2095  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.99 
 
 
1270 aa  677    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  44.49 
 
 
1123 aa  916    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37.58 
 
 
1159 aa  651    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  44.49 
 
 
1123 aa  915    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  43.94 
 
 
1122 aa  894    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  43.63 
 
 
1122 aa  888    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  37.6 
 
 
1158 aa  654    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2641  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  38.18 
 
 
1190 aa  743    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  43.54 
 
 
1132 aa  895    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  43.85 
 
 
1122 aa  889    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.63 
 
 
1173 aa  625  1e-177  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.83 
 
 
1144 aa  623  1e-177  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.95 
 
 
1184 aa  623  1e-177  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.63 
 
 
1150 aa  620  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.13 
 
 
1197 aa  619  1e-176  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.68 
 
 
1164 aa  620  1e-176  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  35.72 
 
 
1060 aa  617  1e-175  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  34.71 
 
 
1171 aa  617  1e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.22 
 
 
1068 aa  612  1e-173  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  35.19 
 
 
1156 aa  612  1e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51720  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.96 
 
 
1168 aa  603  1.0000000000000001e-171  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.23 
 
 
1061 aa  600  1e-170  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.87 
 
 
1091 aa  602  1e-170  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.96 
 
 
1054 aa  593  1e-168  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.24 
 
 
1077 aa  580  1e-164  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.76 
 
 
1085 aa  580  1e-164  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.33 
 
 
1077 aa  578  1.0000000000000001e-163  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  32.87 
 
 
1075 aa  570  1e-161  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  33.66 
 
 
1127 aa  572  1e-161  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.86 
 
 
1074 aa  568  1e-160  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.46 
 
 
1071 aa  569  1e-160  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2024  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.25 
 
 
1162 aa  569  1e-160  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.93867  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.82 
 
 
1183 aa  524  1e-147  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4569  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.76 
 
 
1169 aa  516  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1168  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.6 
 
 
1210 aa  510  1e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1849  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.32 
 
 
1218 aa  512  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.013439  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0520  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.39 
 
 
1174 aa  511  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.318804  normal  0.0360548 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.96 
 
 
1064 aa  486  1e-136  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.98 
 
 
1198 aa  478  1e-133  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2931  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.99 
 
 
1130 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2546  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.99 
 
 
1130 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.47 
 
 
1294 aa  434  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000148654 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01027  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.52 
 
 
1206 aa  427  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0690  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.01 
 
 
1138 aa  399  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4015  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.12 
 
 
1114 aa  396  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.186712  normal  0.268037 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4322  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  27.26 
 
 
1112 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1749  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.44 
 
 
1121 aa  381  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246728  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.9 
 
 
1124 aa  379  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2839  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  26.51 
 
 
1133 aa  371  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.601793  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1097  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.29 
 
 
1112 aa  368  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.145118  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2089  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.15 
 
 
1112 aa  369  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1187  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.7 
 
 
1112 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.720814  normal  0.579184 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1097  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.18 
 
 
1112 aa  369  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0967574  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0734  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.58 
 
 
1112 aa  365  2e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1214  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.58 
 
 
1112 aa  365  2e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0471  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.51 
 
 
1114 aa  363  9e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0516412  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>