138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4672 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  40.58 
 
 		 1122 aa  657    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  40.58 
 
 		 1122 aa  657    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  95.77 
 
 		 1160 aa  2178    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  73.64 
 
 		 1158 aa  1702    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  73.53 
 
 		 1157 aa  1684    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  39.12 
 
 		 1123 aa  646    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  39.04 
 
 		 1123 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  74.07 
 
 		 1150 aa  1716    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1168  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.71 
 
 		 1210 aa  676    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  38.95 
 
 		 1123 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2931  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  43.23 
 
 		 1130 aa  725    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  54.29 
 
 		 1184 aa  1131    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  63.72 
 
 		 1171 aa  1373    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  39.66 
 
 		 1132 aa  652    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.77 
 
 		 1149 aa  655    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4569  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  45.21 
 
 		 1169 aa  880    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  46.21 
 
 		 1197 aa  950    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  53.21 
 
 		 1164 aa  1110    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  39.04 
 
 		 1123 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  40.65 
 
 		 1132 aa  649    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.95 
 
 		 1183 aa  816    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51720  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  62.58 
 
 		 1168 aa  1281    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  40.58 
 
 		 1122 aa  657    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  37.72 
 
 		 1124 aa  639    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  62.02 
 
 		 1158 aa  1355    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  95.68 
 
 		 1160 aa  2147    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  38.92 
 
 		 1123 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1849  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  44.24 
 
 		 1218 aa  808    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.013439  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  63.41 
 
 		 1156 aa  1316    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  40.07 
 
 		 1122 aa  657    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  40.58 
 
 		 1122 aa  658    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  40.58 
 
 		 1122 aa  657    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  39.57 
 
 		 1123 aa  644    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2546  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  43.23 
 
 		 1130 aa  725    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0520  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  44.76 
 
 		 1174 aa  823    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.318804  normal  0.0360548 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  38.45 
 
 		 1123 aa  640    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  100 
 
 		 1159 aa  2333    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  38.41 
 
 		 1123 aa  640    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  40.58 
 
 		 1122 aa  657    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  40.88 
 
 		 1122 aa  660    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  89.79 
 
 		 1158 aa  2080    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  54.79 
 
 		 1173 aa  1135    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.65 
 
 		 1294 aa  753    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000148654 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2024  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  54.59 
 
 		 1162 aa  1113    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.93867  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  40.32 
 
 		 1122 aa  649    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  37.66 
 
 		 1148 aa  635  1e-180  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  38.33 
 
 		 1123 aa  635  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  39.13 
 
 		 1128 aa  629  1e-179  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  36.98 
 
 		 1127 aa  627  1e-178  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  37.01 
 
 		 1164 aa  616  1e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.2 
 
 		 1131 aa  614  9.999999999999999e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  37.15 
 
 		 1163 aa  606  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.52 
 
 		 1091 aa  552  1e-155  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.7 
 
 		 1163 aa  539  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4564  hypothetical protein  33.52 
 
 		 1260 aa  529  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2278  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.52 
 
 		 1260 aa  529  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.06 
 
 		 1226 aa  526  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  34.2 
 
 		 1060 aa  524  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2290  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.84 
 
 		 1274 aa  524  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  36.76 
 
 		 1054 aa  523  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2048  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.86 
 
 		 1270 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2095  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.18 
 
 		 1270 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.99 
 
 		 1061 aa  510  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.35 
 
 		 1068 aa  511  1e-143  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.72 
 
 		 1098 aa  508  9.999999999999999e-143  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1775  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.09 
 
 		 1236 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2245  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.63 
 
 		 1234 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.965648 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1853  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.33 
 
 		 1234 aa  504  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2419  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.14 
 
 		 1269 aa  503  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.91 
 
 		 1074 aa  501  1e-140  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1937  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.19 
 
 		 1187 aa  501  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  33.33 
 
 		 1144 aa  496  1e-139  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.47 
 
 		 1071 aa  499  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.55 
 
 		 1192 aa  499  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2149  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34.36 
 
 		 1270 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.44 
 
 		 1166 aa  491  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2641  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.69 
 
 		 1190 aa  491  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.7 
 
 		 1077 aa  484  1e-135  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.16 
 
 		 1270 aa  484  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.58 
 
 		 1077 aa  479  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  34.08 
 
 		 1075 aa  472  1.0000000000000001e-131  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  32.26 
 
 		 1127 aa  471  1.0000000000000001e-131  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2351  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  35.99 
 
 		 1375 aa  472  1.0000000000000001e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  34 
 
 		 1085 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.81 
 
 		 1198 aa  451  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.14 
 
 		 1064 aa  430  1e-119  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01027  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.81 
 
 		 1206 aa  399  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4322  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  32.82 
 
 		 1112 aa  348  4e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1749  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.38 
 
 		 1121 aa  344  5.999999999999999e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246728  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0690  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.38 
 
 		 1138 aa  342  2e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2170  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.65 
 
 		 1063 aa  340  7e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.411228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4015  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.01 
 
 		 1114 aa  337  9e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.186712  normal  0.268037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.2 
 
 		 1124 aa  337  1e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2839  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  29.1 
 
 		 1133 aa  330  8e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.601793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1187  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.14 
 
 		 1112 aa  326  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.720814  normal  0.579184 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0734  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.38 
 
 		 1112 aa  326  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1214  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.38 
 
 		 1112 aa  326  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1097  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.86 
 
 		 1112 aa  319  2e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.145118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1097  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.86 
 
 		 1112 aa  319  3e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0967574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05437  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.79 
 
 		 1137 aa  318  4e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.487403  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>