138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1613 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0690  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.05 
 
 
1138 aa  691    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769.1  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  67.9 
 
 
1114 aa  1394    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.368918  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4322  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  68.5 
 
 
1112 aa  1457    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2852  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  68.79 
 
 
1149 aa  1410    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.481141  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2839  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  94.5 
 
 
1133 aa  2087    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.601793  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0734  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  68.41 
 
 
1112 aa  1426    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1097  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  68.94 
 
 
1112 aa  1408    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.145118  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1214  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  68.41 
 
 
1112 aa  1426    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1188  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  67.82 
 
 
1354 aa  1397    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.572849  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0681  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  67.9 
 
 
1114 aa  1394    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1385  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  67.9 
 
 
1114 aa  1394    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1389  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  67.82 
 
 
1197 aa  1388    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.454262  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0471  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  67.9 
 
 
1114 aa  1394    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0516412  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2089  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  68.67 
 
 
1112 aa  1399    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1187  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  68.32 
 
 
1112 aa  1424    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.720814  normal  0.579184 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1097  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  68.5 
 
 
1112 aa  1402    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0967574  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1749  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  79.89 
 
 
1121 aa  1764    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246728  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  100 
 
 
1124 aa  2219    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.09 
 
 
1091 aa  475  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.71 
 
 
1054 aa  451  1e-125  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.51 
 
 
1071 aa  443  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.89 
 
 
1074 aa  442  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.99 
 
 
1068 aa  422  1e-116  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  31.05 
 
 
1060 aa  414  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.06 
 
 
1061 aa  416  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  29.98 
 
 
1075 aa  412  1e-113  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  29.85 
 
 
1123 aa  413  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.61 
 
 
1149 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.36 
 
 
1085 aa  408  1.0000000000000001e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  29.53 
 
 
1123 aa  405  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  29.61 
 
 
1123 aa  405  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  29.61 
 
 
1123 aa  405  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  30.7 
 
 
1122 aa  399  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  30.7 
 
 
1122 aa  399  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.61 
 
 
1122 aa  396  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.5 
 
 
1077 aa  395  1e-108  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  30.32 
 
 
1132 aa  395  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  30.52 
 
 
1122 aa  394  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  30.61 
 
 
1122 aa  396  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  30.61 
 
 
1122 aa  396  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  30.76 
 
 
1122 aa  395  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  29.69 
 
 
1132 aa  391  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  30.44 
 
 
1122 aa  391  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  30.44 
 
 
1122 aa  390  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.98 
 
 
1077 aa  386  1e-105  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  28.79 
 
 
1128 aa  385  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  28.97 
 
 
1124 aa  386  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  28.95 
 
 
1148 aa  386  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  29.95 
 
 
1123 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  29.86 
 
 
1123 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  29.86 
 
 
1123 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  29.86 
 
 
1123 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.18 
 
 
1164 aa  379  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  29.95 
 
 
1123 aa  380  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.45 
 
 
1197 aa  364  4e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  28.25 
 
 
1164 aa  363  1e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  26.37 
 
 
1127 aa  362  2e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  28.29 
 
 
1163 aa  358  1.9999999999999998e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.76 
 
 
1184 aa  358  1.9999999999999998e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.95 
 
 
1131 aa  359  1.9999999999999998e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  28.46 
 
 
1127 aa  358  2.9999999999999997e-97  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.04 
 
 
1158 aa  348  4e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.53 
 
 
1160 aa  346  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.53 
 
 
1160 aa  346  1e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.34 
 
 
1198 aa  344  5.999999999999999e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.65 
 
 
1166 aa  342  2e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.29 
 
 
1158 aa  340  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.26 
 
 
1173 aa  340  8e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.49 
 
 
1158 aa  340  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.77 
 
 
1159 aa  337  7.999999999999999e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4564  hypothetical protein  27.11 
 
 
1260 aa  336  1e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2278  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.11 
 
 
1260 aa  336  1e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51720  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.81 
 
 
1168 aa  333  1e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.95 
 
 
1064 aa  332  2e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2048  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.94 
 
 
1270 aa  332  2e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  30.87 
 
 
1171 aa  332  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.11 
 
 
1163 aa  332  3e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  28.36 
 
 
1157 aa  331  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2290  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.77 
 
 
1274 aa  330  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2095  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.01 
 
 
1270 aa  330  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.52 
 
 
1270 aa  327  6e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.11 
 
 
1144 aa  326  1e-87  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.03 
 
 
1150 aa  325  3e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1937  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.25 
 
 
1187 aa  324  6e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.39 
 
 
1183 aa  323  9.999999999999999e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2641  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.52 
 
 
1190 aa  321  5e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  30.44 
 
 
1156 aa  319  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2149  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.07 
 
 
1270 aa  318  3e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2024  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.83 
 
 
1162 aa  317  9.999999999999999e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.93867  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.71 
 
 
1226 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.44 
 
 
1192 aa  313  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1775  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.43 
 
 
1236 aa  311  4e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1853  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.95 
 
 
1234 aa  304  6.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2245  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.16 
 
 
1234 aa  303  1e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.965648 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0520  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.14 
 
 
1174 aa  303  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.318804  normal  0.0360548 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1849  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.69 
 
 
1218 aa  301  5e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.013439  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.62 
 
 
1294 aa  296  1e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000148654 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3372  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.95 
 
 
1143 aa  294  6e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.369157  normal  0.661883 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2419  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.34 
 
 
1269 aa  293  1e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.2 
 
 
1098 aa  288  2.9999999999999996e-76  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>